Aastatel 1998–2001 töötas ta Vanemuise teatris pressiesindaja-kirjandustoimetajana ja 2001–2003 Viljandi Kultuurikolledžis avalike suhete juhina, lisaks mitme kultuuriprojekti meediakonsultandina. Peale selle oli ta aastatel 2002–2021 Tartu Ülikooli Viljandi kultuuriakadeemia teatriajaloo, meediasuhtluse aluste, koosloomemeetodi, improvisatsiooni ja lavastajatöö õppejõud.[1]
Aastatel 2008–2009 töötas Jaanika Juhanson Rakvere Teatris koosseisulise lavastajana, aastatel 2009–2012 Tartu Ülikooli Viljandi kultuuriakadeemia etenduskunstide osakonna juhataja ning tantsukunsti, teatrikunsti ja teatrikunsti visuaaltehnoloogia programmijuhina, aastatel 2012–2013 ja 2017–2019 Tartu Ülikooli Viljandi kultuuriakadeemia teatrikunsti programmijuhina, aastatel 2012–2014 ja 2016–2020 samas etenduskunstide lektorina.[1]
2013. aastast juhendab Jaanika Juhanson Põhja-Eesti Pimedate Ühingu teatriringi. Sügisel 2014 algatas Põhja-Eesti Pimedate Ühingu teatriringi baasil Eesti esimese pimedate ja vaegnägijate teatri – Terateatri. On olnud ka teiste harrastusteatrite ja -ühenduste juhendaja (nt aastatel 2006–2007 Keila Gümnaasiumi kooliteatri Roheline Kass juhendaja, aastatel 2013–2015 Tallinna Tehnikakõrgkoolis tegutseva Tõkatõka Teatri juhendaja).[1]
2020. aastal asutas Jaanika Juhanson teatri Ruum-Raam-Ring ning on selle kunstiline juht ja lavastaja.[1]
Tartu Ülikooli Viljandi kultuuriakadeemia lavastajaüliõpilasena (2003–2007)
R. Arthur / J. Juhanson "Surm on unenägu" (VKAs) 2004
A. Kivirähk / J. Juhanson jt "Papagoide ööd" (VKAs) 2004
A. H. Tammsaare / J. Juhanson "Valged varesed / Noored hinged" (VKAs) 2005
J. Juhanson E. Kaidu ja K. Irdi intervjuude põhjal "Kuidas otsida Kaidut" (Eesti Teatri- ja Muusikamuuseumis) 2005
J. Juhanson "Kadunud aja saladus" (Assauwe Teatris, ETMMis) 2005
K. Dragunskaja "Igavesti… igaveseks" (Assauwe teatris, ETMMis) 2005
K. Tšukovski / J. Juhanson "End-Sa-Pese" (Ugala teatris) 2005
J. Juhanson E. Antsoni mälestuste põhjal H. Gleserist "Hilda Nukitsamees" (Assauwe Teatris, ETMMis) 2006
J. Juhanson keskaegsete materjalide põhjal "Tristan ja Isolde. Lõbusate Hampelmannide viimane lustmäng" (Teatrilabori Assauwe Teatris, 25. Tallinna vanalinna päevade ametlik lavastus Tallinna Raekoja platsil jm) 2006
J. Juhanson jt "KrabattabarK" (Teatrilaboriga Kultuuritehase Katlamajas) 2006
Rakvere Teatri lavastajana (2008–2009)
I. Ilf - J. Petrov / J. Juhanson "12 tooli" 2008
J. Ch. Harris / U. Lennuk "Onu Remuse lood" 2008
"Tundmata" (Kanuti Gildi Saalis koos Kaja Kanni ja Martin Sookaelaga) 2008
E. Hemingway / U. Lennuk / J. Juhanson "Ja päike tõuseb" 2009
Rahvusvahelise teatripäeva gala 2009
Vabakutselise lavastajana (2009–...)
V. Tamme "Haned võlgu" (Teatrilaboriga Von Krahli Teatris) 2007
J. Juhanson "Ants ja Hamletid (Teatrilabori Assauwe Teatris) 2007
N. Ephron / M. Kahan "Kui Harry kohtas Sallyt" (Rakvere Teater) 2009
"Sümfoonia kolmele dirigendile. Laval üks viiul" (koos Renate Valme, Martin Sookaela, Aleksander Eelmaaga, Kanuti Gildi saal) 2009
D. Kareva / J. Juhanson / T. Kesküll "Unenäokohvik" (Rakvere Teater) 2010
M. Karu / J. Juhanson / trupp "Nullpunkt" (Viljandi Kultuuriakadeemia teatrikunsti 9. lennu üliõpilastega Rakvere Teatris) 2011
E. Kasemets / J. Juhanson performance "PMV" 2. osa (Baltoscandalil) 2012
E. Valter / J. Juhanson "Pokumäng" (Viljandi Kultuuriakadeemia 10. lennu üliõpilastega Pokumaal) 2012
Ch. Brontë / J. Juhanson "Jane Eyre" (Rakvere Teater) 2012
P. Üllaste / J. Juhanson "Lugu kahest vereliblest" (NUKU) 2014
J. Juhanson / H. Laas "Ajarefrään" (NUKU) 2015
J. Juhanson / "Vanem Edda" "Nornide mängud" (Must Kast) 2016
J. Juhanson / J. Kaus / trupp "Et sa kaotaksid kõik" (Endla teater) 2017
R. Reinaus / J. Juhanson "Verikambi" (Rakvere Teater) 2019
P. Volkonski / J. Juhanson "Tähemängud ja mängutähed" (Eesti Teatri- ja Muusikamuuseum + Ruum Raam Ring) 2020
Eesti muinasjuttude põhjal "Pikk tige vanaeit" (Oma Lava) 2020
V. Kivisilla/ J. Juhanson "Kuni armastus peale tuleb" (Ruum Raam Ring 2020)
M.Brooks/ T. Meehan "Noor Frankenstein" (Viimsi Muusikaliteater 2023)
Terateatris
I. Hargla / J. Juhanson "Roos ja lumekristall" (Terateatris) 2014
E. Valter / J. Juhanson "Lugu lahkest lohe Justusest ja printsess Miniminnist" (Terateater + Tõkatõka Teater Pokumaal) 2014
J. Juhanson / trupp "Tristan ja Isolde" (Terateatris) 2015
M. Algus / J. Juhanson "Kes kardab pimedat?" (Terateater Vabal Laval) 2016
Põhja-Eesti Pimedate Ühingu 100.aastapäeva pidustustel: loeng-lavastus "Pimedate sada tegusat aastat" ja näitus-lavastus "Aja pimedad pildid" (Terateater PPÜs 2023)
Õppejõuna Tartu Ülikooli Viljandi kultuuriakadeemias (2009–2014)
J. Juhanson / trupp "Salamaa" (koosloomemeetodi töötuba) 2013
J. Juhanson / lavastajaüliõpilased "Suur sumin" (lavastajaüliõpilaste juhendaja) 2014
