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Filogenia bacteriana
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La filogenia de las bacterias se desarrolla en la actualidad a partir de la elaboración de árboles filogenéticos moleculares, especialmente basados en el ARN ribosomal, pero también sobre la base de proteínas (proteoma) y genes (genoma).
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Históricamente se clasificaba a las bacterias desde su descubrimiento según su morfología. Posteriormente, ya en el siglo XX se incluyó los aspectos bioquímicos y metabólicos. Para los años 1900, ya se disponía de catálogos nucleotídicos de ARNr 16S para más de 450 bacterias,[1] por lo que la actual taxonomía bacteriana está muy influenciada por los estudios del ARNr.
A pesar de que existe una amplia base de datos sobre la filogenia molecular procariota, los resultados se integran al árbol de la vida solo parcialmente y se habla incluso del fracaso de tales esfuerzos.[2][3] El principal factor que dificulta conocer la evolución y filogenia bacteriana es la transferencia genética horizontal, por lo que un árbol filogenético determinado dependerá del gen o genes escogidos, produciéndose resultados muy diversos, contradictorios y difíciles de interpretar. Otro factor que puede incurrir es la atracción de ramas largas, un artefacto filogenético que coloca erróneamente a los linajes de rápida evolución en posición basal o con otros linajes de rápida evolución altamente divergentes. Aun así, algunos autores han ensayado teorías evolutivas que intentan explicar la naturaleza del ancestro común bacteriano y su evolución en grandes grupos filogenéticos.