Además de contar con un extenso trabajo de investigación sobre la historia del pensamiento político y de los movimientos sociales en España, patente en obras como La ideología liberal en la Ilustración española o Pensamiento político en España, siglos XIX y XX, Elorza ha pasado en los últimos años a centrarse en el estudio de los nacionalismos y los integrismos, plasmado, entre otras, en las siguientes obras: Tras la huella de Sabino Arana: los orígenes totalitarios del nacionalismo vasco, Umma: el integrismo en el islam y El nuevo terrorismo islamista. En lo que respecta al primero de los temas, mantiene posturas beligerantes contra los nacionalismos periféricos del estado español. Por ello, apoya la constitución de 1978 y el carácter de indisolubilidad que ésta asigna a la nación española.
Elorza mantiene una inacabada polémica con la profesora Gema Martín Muñoz y otros arabistas españoles, discrepa de la tesis del fallecido escritor palestino Edward W. Said, y ha mantenido diferencias con Tariq Ramadan,[13] hasta derivar en una enconada controversia. "La modernización de fachada esconde en Tariq Ramadán una posición de rígido neofundamentalismo", sostiene Elorza.
El islamismo tiene una seña de identidad clara que es la adopción de la sharía, del conjunto de normas basadas en el Corán y en las sentencias del profeta, con el objeto de mantener o forjar un orden social regido en su totalidad por el principio de "ordenar el bien y prohibir el mal" cuyo contenido marcan los textos sagrados. Fue el programa tradicional de los Hermanos Musulmanes de Egipto, (...) y lo es hoy de los principales movimientos islamistas en el mundo. (...) Partido islámico o simplemente musulmán sería una calificación más ajustada (...) [para los que proponen una] Constitución democrática y (...) el pluralismo político.
«Sin título». El Periódico: 60. 16 de julio de 2008. Archivado desde el original el 24 de marzo de 2016. Consultado el 22 de febrero de 2015. «Frente a esta yihad que implica la lucha armada, Elorza niega rotundamente la existencia de una gran yihad, superior, de carácter espiritual, con la que se explica en nuestros días el carácter pacífico del islam, y entra en clara polémica con el profesor de Oxford Tariq Ramadán, máximo representante académico del islam moderado.»
Martín Gallardo, Francisco (abril-junio de 1971). «La ideología liberal en la Ilustración Española by Antonio Elorza». Revista Española de la Opinión Pública (Centro de Investigaciones Sociológicas) (24): 409-411. ISSN0034-9429. JSTOR40181661.