Οι επιστολές, τα δοκίμια και τα βιβλία του που περιγράφουν τις περιπέτειές του στη φύση, ειδικά στη Σιέρα Νεβάδα, έχουν διαβαστεί από εκατομμύρια. Ο ακτιβισμός του βοήθησε στη διατήρηση της Κοιλάδας Γιοσέμιτι και του Εθνικού Πάρκου Σεκόγια και το παράδειγμά του έχει χρησιμεύσει ως έμπνευση για τη διατήρηση πολλών άλλων περιοχών άγριας φύσης. Το Sierra Club, το οποίο συνίδρυσε, είναι ένας εξέχων αμερικανικός οργανισμός διατήρησης. Στη μετέπειτα ζωή του, ο Μιούιρ αφιέρωσε τον περισσότερο χρόνο του στη διατήρηση των δυτικών δασών. Ως μέρος της εκστρατείας για να γίνει το Γιοσέμιτι εθνικό πάρκο, ο Μιούιρ δημοσίευσε δύο άρθρα ορόσημο για τη διατήρηση της άγριας φύσης στο The Century Magazine, «The Treasures of the Yosemite» και «Features of the Proposed Yosemite National Park». Αυτό βοήθησε στην υποστήριξη της ώθησης προς το Κογκρέσο των ΗΠΑ να εγκρίνει ένα νομοσχέδιο το 1890 για την ίδρυση του Εθνικού Πάρκου Γιοσέμιτι.[18] Η πνευματική ποιότητα και ο ενθουσιασμός προς τη φύση που εκφράζεται στα γραπτά του έχει εμπνεύσει τους αναγνώστες, συμπεριλαμβανομένων των προέδρων και των μελών του Κογκρέσου, να αναλάβουν δράση για να βοηθήσουν στη διατήρηση μεγάλων φυσικών περιοχών.[19]
Ο Τζον Μιούιρ έχει θεωρηθεί «έμπνευση τόσο για τους Σκωτσέζους όσο και για τους Αμερικανούς».[20] Ο βιογράφος του Μιούιρ, Στίβεν Τζ. Χολμς, πιστεύει ότι ο Μιούιρ έχει γίνει «ένας από τους προστάτες αγίους της αμερικανικής περιβαλλοντικής δραστηριότητας του 20ού αιώνα», τόσο πολιτικά όσο και ψυχαγωγικά. Ως αποτέλεσμα, τα γραπτά του συζητούνται συνήθως σε βιβλία και περιοδικά, και έχει αναφερθεί συχνά από φωτογράφους φύσης όπως ο Άνσελ Άνταμς.[21] «Ο Μιούιρ έχει διαμορφώσει βαθιά τις ίδιες τις κατηγορίες μέσω των οποίων οι Αμερικανοί κατανοούν και οραματίζονται τις σχέσεις τους με τον φυσικό κόσμο», γράφει ο Χολμς.[22]
Ο Μιούιρ ήταν γνωστός ως οικολόγος στοχαστής, πολιτικός εκπρόσωπος και υποστηρικτής του περιβάλλοντος, τα γραπτά του οποίου έγιναν προσωπικός οδηγός στη φύση για πολλούς ανθρώπους, κάνοντας το όνομά του «σχεδόν πανταχού παρόν» στη σύγχρονη περιβαλλοντική συνείδηση. Σύμφωνα με τον συγγραφέα Γουίλιαμ Άντερσον, ο Μιούιρ ήταν το παράδειγμα ως «το αρχέτυπο της ενότητάς μας με τη γη»,[23] ενώ ο βιογράφος Ντόναλντ Γουόρστερ λέει ότι πίστευε ότι η αποστολή του ήταν «να σώσει την αμερικανική ψυχή από την ολοκληρωτική παράδοση στον υλισμό».[24] Στις 21 Απριλίου 2013, εορτάστηκε η πρώτη Ημέρα Τζον Μιούιρ στη Σκωτία, η οποία σηματοδότησε την 175η επέτειο από τη γέννησή του, αποτίοντας φόρο τιμής στον οικολόγο.
Το 1878, όταν πλησίαζε τα 40 του, οι φίλοι του Μιούιρ «τον πίεσαν να επιστρέψει στην κοινωνία».[25] Αμέσως μετά την επιστροφή του στην περιοχή του Όκλαντ, παρουσιάστηκε από τη Ζαν Καρ στη Λουίζα Στρέντσελ, κόρη ενός εξέχοντος ιατρού και φυτοκόμου με 11 χλμ2 οπωρώνα στο Μαρτίνες της Καλιφόρνια, βορειοανατολικά του Όκλαντ. Το 1880, αφού επέστρεψε από ένα ταξίδι στην Αλάσκα, ο Μιούιρ και η Στρέντσελ παντρεύτηκαν. Ο Τζον Μιούιρ συνήψε συνεργασία με τον πεθερό του, Τζον Στρέντσελ και για δέκα χρόνια διοχέτευσε το μεγαλύτερο μέρος της ενέργειάς του στη διαχείριση αυτής της μεγάλης φάρμας φρούτων.[26] Αν και ο Μιούιρ ήταν ένας πιστός, αφοσιωμένος σύζυγος και πατέρας δύο κορών, «η καρδιά του παρέμεινε άγρια», γράφει ο Μαρκίς. Η σύζυγός του καταλάβαινε τις ανάγκες του και, αφού έβλεπε την ανησυχία του στο ράντσο, μερικές φορές «τον έδιωχνε πίσω» στα βουνά. Μερικές φορές έπαιρνε τις κόρες του μαζί του.[25]
Το σπίτι και μέρος του ράντσο είναι τώρα ο Εθνικός Ιστορικός Χώρος Τζον Μιούιρ.[27]
Ο Μιούιρ πέθανε, σε ηλικία 76 ετών, στο Νοσοκομείο της Καλιφόρνια[29] στο Λος Άντζελες στις 24 Δεκεμβρίου 1914, από πνευμονία.[30] Είχε πάει στο Ντάγκετ της Καλιφόρνια για να δει την κόρη του, Χέλεν Μιούρι Φουνκ. Ο εγγονός του, Ρος Χάνα, έζησε μέχρι το 2014, όταν πέθανε σε ηλικία 91 ετών.[31]
Kennedy White, Kim, επιμ. (2013). America Goes Green: An Encyclopedia of Eco-Friendly Culture in the United States. Santa Barbara, California: ABC-CLIO. σελ.xxiii. John Muir (1838–1914) was a Scottish-born American citizen
Adams, Ansel (2002). America's Wilderness: the Photographs of Ansel Adams, with the Writings of John Muir. Φιλαδέλφεια: Courage Books. ISBN978-0762413904.
John Muir National Historic Site
"The park's museum collection includes historic documents and artifacts that relate to the writing, travels, political activities and daily life of John Muir and his family in Martinez ... The collections are displayed in the home, carriage house and through exhibitions in the Visitor Center."
Austin, Richard C. (1991). Baptized into Wilderness: A Christian Perspective on John Muir. Creekside Press. ISBN978-0-9625831-2-4.
Bilbro, Jeffrey. "Preserving "God's Wildness" for Redemptive Baptism: Muir and Disciples of Christ Theology," in Loving God's Wildness: The Christian Roots of Ecological Ethics in American Literature. Tuscaloosa: U of Alabama P, 2015. 63-98. (ISBN978-0-8173-1857-4) ISBN978-0-8173-1857-4.
Engberg, Robert and Donald Wesling, 1999. John Muir: To Yosemite and Beyond. University of Utah Press: Salt Lake City. (ISBN978-0-87480-580-2) ISBN 978-0-87480-580-2