Werner Knopp (5. von rechts) mit König Hussein und Königin Nūr im Museum für Islamische Kunst in Dahlem während einer Führung durch Direktor Klaus Brisch (Vordergrund rechts) am 6. November 1978Grabstätte
Anschließend wechselte er an die Universität Münster, wo er von 1969 bis 1977 die Professur für Bürgerliches Recht, Handels- und Wirtschaftsrecht innehatte. Von 1969 bis 1980 war er Gründungsrektor des Instituts für ausländisches und internationales Privat- und Wirtschaftsrecht. Darüber hinaus war er von 1970 bis 1974 Rektor der Universität und von 1974 bis 1977 Präsident der Westdeutschen Rektorenkonferenz.
Von Juli 1977 bis zu seiner Pensionierung im Jahre 1998 war Werner Knopp Präsident der Stiftung Preußischer Kulturbesitz.
Werner Knopp verstarb 87-jährig und wurde auf dem Berliner Waldfriedhof Dahlem beigesetzt. Die Grabstätte befindet sich in Feld 015-640.
Über die Aufgabenteilung zwischen dem Europäischen Gerichtshof und den nationalen Gerichten bei der Auslegung des Gemeinschaftsrechts. In: Wolfgang Hefermehl (Hrsg.): Festschrift für Philipp Möhring zum 65. Geburtstag. Beck, München 1965, S. 449–482.
Grundfragen der rechtlichen Beurteilung von Unternehmensschädigungen durch Demonstranten. In: Ernst-Wolfgang Böckenförde (Hrsg.): Rechtsfragen der Gegenwart. Festschrift für Wolfgang Hefermehl zum 65. Geburtstag. Kohlhammer, Stuttgart 1972, S. 404–421, ISBN 3-17-110041-X.
Professoren und Studenten 1977. Was denken sie? Was wünschen sie? Wie handeln sie? (= Eichstätter Hochschulreden, Bd. 9). Minerva, München 1978, ISBN 3-597-30009-X.
Preußen. Versunkener Staat, lebendiges Erbe (= Kleine Reihe / Walter-Raymond-Stiftung, Bd. 21). Bachem, Köln 1981, ISBN 3-7616-0562-5.
Preußens Wege, Preußens Spuren. Gedanken über einen versunkenen Staat. Droste, Düsseldorf 1981, ISBN 3-7700-0600-3.
Adler und Rauten. Bayerns und Preußens Weg durch die deutsche Geschichte. In: Elfi M. Haller (Red.): Bayern – Preussen. Preussen – Bayern. Bayerische Vereinsbank, München 1981, S. 7–27.
Braunschweig und Hannover. Geschichte einer Konkurrenz. Niedersächsische Landeszentrale für Politische Bildung, Hannover 1983.
(Mitautor): Hansgeorg Loebel (Red.): Das Evangeliar Heinrichs des Löwen. Niemeyer-Druck, Hameln 1984, ISBN 3-87585-064-5.
Fürsten – Bürger – Diplomaten. Gemeinschaftsaktionen für den Erwerb von Kulturgut im deutschen Kaiserreich. In: ders. (Hrsg.): Spiegelungen [Festschrift Hermann Josef Abs]. Hase und Koehler, Mainz 1986, S. 337–364, ISBN 3-7758-1140-0.
Bayern und Preußen. Festvortrag vom 25. Oktober 1998 aus Anlaß des 10jährigen Jubiläums der Kester-Haeusler-Stiftung. Kester-Haeusler-Stiftung, Fürstenfeldbruck 1999, ISBN 3-931548-25-2.
Bernd Haunfelder: Die Rektoren, Kuratoren und Kanzler der Universität Münster 1826–2016. Ein biographisches Handbuch (= Veröffentlichungen des Universitätsarchivs Münster 14). Aschendorff, Münster 2020, ISBN 978-3-402-15897-5, S. 264–265.
