Bahnsen schrieb viele Bücher. Eines seiner erfolgreicheren war das 1975 erschienene Werk Die Katakombe, das von Hitlers letzten Tagen im Bunker unter der Reichskanzlei handelt[3] und für das Zeitzeugen der Geschehnisse im Bunker der Reichskanzlei des Jahres 1945 interviewt wurden. Das Buch wurde 1981 mit Anthony Hopkins in der Hauptrolle verfilmt. 2015 erschien sein Buch mit dem Titel Hanseaten unter dem Hakenkreuz. Es wurde im Auftrage der Handelskammer Hamburg geschrieben und behandelt die Rolle der Kaufmannschaft in der Zeit des Nationalsozialismus. Sein letztes Buch war eine Biografie über Hamburgs ehemaligen Bürgermeister Henning Voscherau, das 2022 veröffentlicht wurde.
mit James P. O’Donnell: Die Katakombe – Das Ende in der Reichskanzlei. 1975. Wieder aufgelegt als Rowohlt Taschenbuch, Reinbek 2004, ISBN 978-3-499-61696-9. (verfilmt als Der Bunker. 1981)
Der Anschlag – Machtkampf um die Medien. Hase und Köhler, Mainz 1985, ISBN 3-7758-1104-4.
Der „Stern“-Prozess – Heidemann und Kujau vor Gericht. Hase und Köhler, Mainz 1986, ISBN 3-7758-1114-1. (Über den Prozess um die gefälschten Hitler-Tagebücher)
mit Kerstin von Stürmer: Die Stadt, die sterben sollte – Der Bombenkrieg 1943. Convent, Hamburg 2003, ISBN 3-934613-55-1.
mit Kerstin von Stürmer: Die Stadt, die leben wollte. Hamburg und die Stunde Null. Convent 2004, ISBN 3-934613-82-9.
mit Kerstin von Stürmer: Die Stadt, die auferstand – Hamburgs Aufbau 1948–1960. Convent, Hamburg 2005, ISBN 3-934613-89-6.
Die Weichmanns in Hamburg, Ein Glücksfall für Deutschland. Hrsg. Herbert und Elsbeth Weichmann Stiftung, Christians Verlag, Hamburg 2001, ISBN 3-7672-1360-5. (Über das Politiker-Ehepaar Elsbeth und Herbert Weichmann.)
mit Eckart van Hooven: Bericht eines Zeitzeugens des Jahrs 1925. Knapp, Frankfurt am Main 2002, ISBN 3-8314-0750-9.
Merkur, Macht und Moneten – ein Streifzug durch die Hamburger Staatsfinanzen. Ellert&Richter, Hamburg 2006, ISBN 3-8319-0266-6.
mit Kerstin von Stürmer: Die Geschichte Hamburgs von 1945 bis heute: Trümmer, Träume, Tor zur Welt. Sutton, Erfurt 2012, ISBN 978-3-95400-050-0.
Hanseaten unter dem Hakenkreuz – Die Handelskammer Hamburg und die Kaufmannschaft im Dritten Reich. Hrsg. Handelskammer Hamburg, Wachholtz, Kiel u.a. 2015, ISBN 978-3-529-05261-3. Rezensionen des Buches hier[4], hier[5] und hier[6]
Biografie Peter Tamm. Koehlers Verlagsgesellschaft, Hamburg 2021, ISBN 978-3-7822-1392-9.
Rezension des Leiters des Zentrums für Holocaust-Studien am Institut für Zeitgeschichte München und Spezialisten für die Hamburger Geschichte des Dritten Reiches, Frank Bajohr und des Leiters der Abteilung Zeitgeschichte bis 1945 des Institut für Zeitgeschichte München, Johannes Hürter, in ihrem Aufsatz Auftragsforschung NS-Belastung. Bemerkungen zu einer Konjunktur.Mehr als eine Erzählung – zeitgeschichtliche Perspektiven auf die Bundesrepublik. Festschrift für Axel Schildt. Hrsg. Frank Bajohr; Anselm Doering-Manteuffel; Claudia Kemper und Detlef Siegfried, Wallstein 2016, ISBN 978-3-8353-1882-3, 226. Ihr Aufsatz behandelt die neuere Geschichtsschreibung von Unternehmen über die Rolle dieses Unternehmens in der Zeit des Dritten Reiches. In ihrer Betrachtung des Bahnsenschen Buches über die Handelskammer Hamburg werfen sie dem Autor vor, eine Arbeit verfasst zu haben, bei der die Handelskammer das positive Ergebnis schon in den Auftrag geschrieben und die Honorarauszahlung an die Abstimmung des Textes mit der Handelskammer gekoppelt habe. Bajohr und Hürter sprechen angesichts dieser Auftragsgestaltung von „Abgründen der Auftragsforschung“.
Die Historikerin Lu Seegers beurteilt in ihrer Rezension das Buch über die Geschichte der Handelskammer durch Bahnsen abschließend als eine „wissenschaftlichen Maßstäben“ nicht genügende „Darstellung“. In Lu Seegers: Rezension Uwe Bahnsen: Hanseaten unter dem Hakenkreuz – Die Handelskammer Hamburg und die Kaufmannschaft im Dritten Reich. In Zeitschrift des Vereins für Hamburgische Geschichte Band 102, 2016, S. 184–188.
