Thomas Haffenecker entstammte einer Tiroler Baumeisterfamilie und ist der Vater von Anton Haffenecker. Ab 1711 arbeitete er in Prag mit Christoph Dientzenhofer und später auch mit dessen Sohn Kilian Ignaz Dientzenhofer zusammen. Haffenecker erhielt 1707 die Bürgerrechte in der Prager Kleinseite. Er entwarf zahlreiche Pläne für Sakralbauten, die zum großen Teil nach seinem Tode realisiert wurden.
Kirche Maria Heimsuchung in HaindorfClam-Gallas Palais, Vollendung Thomas Haffenecker
Umbau des Jesuiten-Gymnasiums auf der Prager Kleinseite, gemeinsam mit Christoph Dientzenhofer, vollendet durch Kilian Ignaz Dientzenhofer
barocke Umgestaltung der Klosterkirche Mariä Geburt im Kloster Doksany, ca. 1710–1729
Projekt für den Umbau des Schlosses Manětín nach dem Brand von 1712, 1712–1715, realisiert nach seinem Tode durch den Polier Johann Georg Hess aus Reutte
Pläne für die Kirche St. Maria Magdalena in Lázně Bohdaneč, 1715 realisiert
Pläne für den Umbau der Kirche in Moravany, 1728
Pläne für den Umbau der Kirche in Holice, 1729, realisiert 1736–1739 nach seinem Tode
Pläne für den Umbau der Kirche in Vysoké Chvojno, 1729
barocke Wallfahrtskirche Maria Heimsuchung in Hejnice, 1722–1729
barocke Wallfahrtskirche der Jungfrau Maria in Sepekov, errichtet nach seinem Tode 1730 – 1733
Milan Pavlík: Stavebně-historický průzkum zámku v Manětíně. Renesanční zámek a jeho přestavba císařským stavitelem Tomášem Haffeneckerem Pavlu Preissovi k životnímu jubileu