mit Bernd Feuerlohn: Die braune Stadt am Meer. Wilhelmshavens Weg in die Diktatur. VSA, Hamburg 1985, ISBN 3-87975-332-6.
Die Stunde Null, die keine war. Restauration und Remilitarisierung in Wilhelmshaven. VSA, Hamburg 1986, ISBN 3-87975-381-4.
Zur Geschichte des kämpferischen Pazifismus. Die programmatische Entwicklung der Deutschen Friedensgesellschaft 1929–1956. Bis, Oldenburg 1988, ISBN 3-8142-0293-7.
Pazifismus in Westdeutschland. Die Deutsche Friedensgesellschaft 1945–1968. 2 Bände. Mainz, Aachen 1991; 2. Auflage 1999, ISBN 3-89653-461-0.
Heine. Die SPD und der lange Weg zur Macht. Klartext, Essen 1999, ISBN 3-88474-721-5.
Die Spionin. Olga Raue – CIA-Agentin im Kalten Krieg . Rowohlt, Reinbek 2019, ISBN 978-3-498-00100-1.
Fluchtweg Bulgarien. Die verlängerte Mauer an den Grenzen zur Türkei, Jugoslawien und Griechenland (=Studien des Forschungsverbundes SED-Staat an der Freien Universität Berlin). Peter Lang, Berlin, Bern, Bruxelles, New York, Oxford, Warszawa, Wien 2019, ISBN 978-3-631-78883-7.
mit Lothar Wieland: Reden zur Eröffnung des Fritz-Küster-Archivs, BIS-Verlag Oldenburg 1989
Als Herausgeber:
Otto Oertel: Als Gefangener der SS. Hrsg. und bearbeitet von Stefan Appelius. Mit einem Vorwort von Bernt Engelmann. Bis, Oldenburg 1990, ISBN 3-8142-0238-4.
Theodor Michaltscheff: Die unverwüstliche Opposition: Geschichte der bundesdeutschen Friedensbewegung 1945–1960. Aus dem Nachlass hrsg. und bearbeitet von Stefan Appelius. Bis, Oldenburg 1994.
„Der Teufel hole Hitler“. Briefe der sozialdemokratischen Emigration. Klartext, Essen 2003, ISBN 978-3-8847-4824-4.
Alma Kettig: Verpflichtung zum Frieden, BIS-Verlag Oldenburg, 1990
Fritz Küster: Der Frieden muß erkämpft werden, BIS-Verlag Oldenburg, 1989
Albert Schulz: Erinnerungen eines Sozialdemokraten, BIS-Verlag Oldenburg, 2000
Zenon Rozanski: Mützen ab. Eine Reportage aus der Strafkompanie des KZ Auschwitz. BIS-Verlag Oldenburg, 1991
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