Am 21. Juni 1933 wurde er von der SA aus seiner Wohnung[6] verschleppt. Im SA-Heim „Müggelseedamm“[7] sowie auf dem Heuboden des SA-Sturmlokals „Demuth“ in der damaligen Elisabethstraße 23[8] wurde Karl Pokern schwer gefoltert und anschließend im Köpenicker Amtsgericht, dem Köpenicker SA-Hauptquartier, erschossen.[9] „In der Nacht vom 22. zum 23.Juni 1933 wurden vom Amtsgerichtsgefängnis die dort ermordeten und in Säcke genähten Opfer, darunter von Essen, Stelling und Pokern mit dem Lastkraftwagen der Firma Ewald zum SA-Lokal Wendenschloss gebracht.“[10] Heute befindet sich dort eine Gedenkstätte für die Opfer der „Köpenicker Blutwoche Juni 1933“. Am 1. und 2. Juli 1933 wurden in Säcken eingenäht in der Dahme die verstümmelten Leichen von Johannes Stelling, Paul von Essen und Karl Pokern gefunden.[11]
Karl Pokern wurde auf dem Christophorus-Friedhof unter Anteilnahme von vielen Menschen begraben.[12] Ein Bekannter Pokerns, Bruno Berger, berichtete als Zeuge 1950 über den SA-Mann Beyer: „Sucht Euch gleich ‘ne Kute (Erdloch) aus. Die nächsten seid Ihr.“[13] Am 12. Februar 1934 schlägt die Zentralstaatsanwaltschaft das „Verfahren in der Todesermittlungssache Stelling, von Essen, Pokern und Pohle“ nieder.[14]
Der Rohrleger Wilhelm Beyer, geboren am 10. März 1886, wurde im Plönzke-Prozess zum Tode verurteilt, weil er zum „grausamen Tode Pokerns entscheidend beigetragen hat“. Das Urteil wurde am 20. Februar 1951 in Frankfurt (Oder) vollstreckt.[15]
Kurt Werner, Karl Heinz Biernat: Die Köpenicker Blutwoche Juni 1933. Dietz Verlag, Berlin 1958. (47 S.)
Kurt Werner, Karl Heinz Biernat: Die Köpenicker Blutwoche Juni 1933 mit einem Anhang der Opfer. Dietz Verlag, Berlin 1960. (103 S.)
Heinrich-Wilhelm Wörmann: Widerstand in Köpenick und Treptow. Gedenkstätte Deutscher Widerstand, Berlin 2010, S.29, 31, 32, 33, 36, 37, 40, 46. (=Schriftenreihe über den Widerstand in Berlin von 1933 bis 1945. Band 9) ISBN 3-926082-03-8. Digitalisat (Fotografie Seite 36)
Stefan Hördler (Hrsg.): SA-Terror als Herrschaftssicherung. „Köpenicker Blutwoche“ und öffentliche Gewalt im Nationalsozialismus. Metropol, Berlin 2013, ISBN 978-3-86331-133-9.
Karl Pokern. In: Widerstand in Berlin gegen das NS-Regime 1933 bis 1945. Ein biographisches Lexikon. Band 6. Trafo Verlag, Berlin 2004, S.72. ISBN 3-89626-356-0
„An den Folgen der Folter durch die SA-Leute im Sturmlokal „Demuth“ starben Walter Majchrzak, Fritz Otto, Paul Pohle, Karl Pokern, Josef und Paul Spitzer, Paul Wilczoch und der Alfred Pusch. Karl Pokern wurde durch Misshandlungen entsetzlich zugerichtet und schließlich im Amtsgerichtsgefängnis erschossen.“ (Heinrich-Wilhelm Wörmann, S.31.)
„Zu einem eindrucksvollen Protest gegen den Naziterror, den wir mit vorbereitet hatten, wurde die Beerdigung des parteilosen Sportlers Karl Pokern, der während der Köpenicker Blutwoche auf grausamste Weise ermordet wurde. Etwa dreihundert Menschen aus allen Kreisen der Bevölkerung nahmen daran teil, obgleich SA-Leute in Uniform vor dem Friedhof herumlungerten und die Teilnehmer fotografierten. Die Kosten der Beerdigung waren durch Geldsammlungen aufbracht worden.“ (Heinrich-Wilhelm Wörmannm, S.46.)