Voigts Arbeit Hildebrand als Papst Gregor VII. und sein Zeitalter war die erste unparteiische Würdigung dieses Papstes durch die protestantische Geschichtsschreibung. Sie brachte ihm mehrere Einladungen zum Übertritt zum Katholizismus ein. Wesentlich größere Bedeutung erlangte Voigt jedoch als Geschichtsschreiber Preußens. Zu dieser Aufgabe war er nicht zuletzt auch deshalb prädestiniert, weil er Direktor des Universitätsarchives in Königsberg war.
Ein Vergleich von Voigts Geschichtsschreibung mit der der späteren Generation zeigt, dass Voigt noch nicht über die historisch-kritische Methode wie später sein Sohn Georg verfügte. Er verwendete die Quellen, wenn sie Primärquellen waren, als wären es die authentischsten Belege der zu bearbeitenden Zeit. Er hinterfragte nicht die Absichten, die bei der Abfassung solcher Schriftstücke zugrunde lagen, sondern arbeitete sie unmittelbar in seine Darstellungen ein. Auch seine Quellensammlungen zur Geschichte Preußens verfügten nicht über einen ausreichenden historisch-kritischen Apparat.
Der Methode der historisch-kritischen Schule nach dem Muster Leopold von Ranke öffnete sich Voigt nur teilweise und zudem recht spät. Vielfach blieb er noch den Anschauungen der mittelalterlichen Welt der Romantik verhaftet. Auch rühmte er sich, mit dem RomantikerJoseph von Eichendorff befreundet gewesen zu sein. Ein großer Anteil seiner Arbeiten galt dem Mittelalter.
Sein Sohn Georg hatte ihm gegenüber einen entscheidenden Standortvorteil, weil er durch die Vermittlung durch Heinrich von Sybel in München an den Reichstagsakten den modernen Editionsbetrieb nach neuem Muster kennenlernte.
Trotz der aufgeführten Einschränkungen gelten Voigts Arbeiten zur Geschichte Preußens als bahnbrechend und zählen noch heute zur Standardliteratur. Sie nehmen nichts von der grundlegenden Bedeutung von Voigs Lebenswerk namentlich für die Geschichtsschreibung Preußens.[3] Das schließt seine Arbeit PapstGregor VII. ebenso ein wie den Markgraf Alcibiades.
Eine ausführliche Bibliographie mit Nachweis einzelner Bände, Digitalisate und Aufsätze findet sich auf der Wikisource-Autorenseite.
Hildebrand als Papst Gregor VII. und sein Zeitalter, Weimar 1815, 2. Aufl. 1846.
Geschichte des Lombardenbunds, Königsberg 1818.
Geschichte der Eidechsen-Gesellschaft in Preußen, aus neuaufgefundenen Quellen dargestellt. Königsberg 1823, 281 Seiten
Geschichte Marienburgs, der Stadt und des Haupthauses des deutschen Ritter-Ordens in Preußen. Königsberg 1824, (Druckfehler-Berichtigung auf S. 589–590), 588 Seiten
Geschichte Preußens von den ältesten Zeiten bis zum Untergange der Herrschaft des Deutschen Ordens, Gebrüder Bornträger, Königsberg 1827–39, 9 Bände:
Band 1: Die Zeit des Heidenthums, Königsberg 1827 (Digitalisat).
Band 2: Die Zeit von der Ankunft des Ordens bis zum Frieden 1249, Königsberg 1827 (Digitalisat).
Band 3: Die Zeit vom Frieden 1249 bis zur Unterwerfung der Preussen 1283, Königsberg 1828 (Digitalisat).
Band 4: Die Zeit von der Unterwerfung der Preussen 1283 bis zu Diererichs von Altenburg Tod 1341, Königsberg 1830 (Digitalisat).
Band 5: Die Zeit vom Hochmeister Ludolf König von Weizau 1342 bis zum Tode des Hochmeisters Konrad von Wallenrod 1393, Königsberg 1832 (Digitalisat).
Band 6: Die Zeit des Hochmeisters Konrad von Jungingen, von 1393 bis 1407. Verfassung des Ordens und des Landes. Königsberg 1834 (Digitalisat).
Band 7: Die Zeit vom Hochmeister Ulrich von Jungingen 1407 bis zum Tode des Hochmeisters Paul von Rußdorf 1441, Königsberg 1836 (Digitalisat).
Band 8: Die Zeit vom Hochmeister Konrad von Erlichshausen 1441 bis zum Tode des Hochmeisters Ludwig von Erlichshausen 1457, Königsberg 1838 (Digitalisat).
Band 9: Die Zeit vom Tode des Hochministers Ludwig von Erlichshausen 1467 bis zum Untergange der Herrschaft des Ordens unter dem Hochmeister Albrecht von Brandenburg 1525, Königsberg 1839 (Digitalisat).
Codex Diplomaticus Prussicus – Urkundensammlung zur ältesten Geschichte Preußens aus dem Königlichen Geheimen Archiv zu Königsberg, nebst Regesten Königsberg 1836–61, 6 Bde.
Die Westfälischen Femegerichte in Bezug auf Preußen, aus den Quellen dargestellt, mit Urkunden. Königsberg 1836, online, online
Briefwechsel der berühmtesten Gelehrten des Zeitalters der Reformation mit Herzog Albrecht von Preußen – Beiträge zur Gelehrten-, Kirchen- und politischen Geschichte des sechzehnten Jahrhunderts. Königsberg 1841, 622 Seiten.
Handbuch der Geschichte Preußens bis zur Reformation, Königsberg 1842–43, 3 Bde.
Namen-Codex der deutschen Ordens-Beamten, Hochmeister, Landmeister, Großgebietiger, Komture, Vögte, Pfleger, Hochmeister-Kompane, Kreuzfahrer und Söldner-Hauptleute in Preußen, Königsberg 1843, 138 Seiten (unveränderter Nachdruck: Sändig Verlag, 1971).
Geschichte des sogen. Tugendbunds, Königsberg 1850.
Markgraf Albrecht Alcibiades von Brandenburg-Kulmbach Berlin 1852, 2 Bde.
Geschichte des Deutschen Ritter-Ordens in seinen zwölf Balleien in Deutschland, Berlin 1857–59, 2 Bde.
Blicke in das kunst- und gewerbreiche Leben der Stadt Nürnberg im sechszehnten Jahrhundert, Berlin, 1862. (Digitalisat).
Geschichte der Ballei des deutschen Ordens in Böhmen, Wien 1863.
Die Erwerbung der Neumark – Ziel und Erfolg der Brandenburgischen Politik unter den Kurfürsten Friedrich I. und Friedrich II. 1402–1457 – Nach archivalischen Quellen. Berlin 1863 (online).
(Hrsg. mit Friedrich Wilhelm Schubert): Jahrbücher Johannes Lindenblatts oder Chronik Johannes von der Pusilie. Universitäts-Buchhandlung, Königsberg 1823 (Digitalisat)
Alexander Baranov: Der Dienstnachlass von Johannes Voigt (Staatsarchiv Königsberg) in der Russischen Staatsbibliothek in Moskau. In: Preußenland N.F. 2 (2011), S. 91–113.
Alexander Baranov: Die Abschriftensammlung von Johannes Voigt (Staatsarchiv Königsberg) in der Russischen Staatsbibliothek in Moskau. In: Preußenland N.F. 8 (2017), S. 41–59.
Friedrich Wilhelm Hermann Wagner: Neues Conversations-Lexikon. Staats- und Gesellschafts-Lexikon. Band 21, Berlin 1866, S. 509–512.
Erich Maschke: Johannes Voigt als Geschichtsschreiber Altpreußens. In: Altpreußische Forschungen 5, 1928, S. 93–135.
Deutsche Biographische Enzyklopädie, Band 10, München 1999.
Mario Todte: Georg Voigt: Pionier der historischen Humanismusforschung. Leipzig 2004, ISBN 3-937209-22-0. Neben den literarischen Verweisen zu seinem Vater Johannes in dem biographischen Abriss zu Georg Voigt kommt an anderer Stelle ein Vergleich zwischen ihnen in historiographiegeschichtlicher Hinsicht vor.
Mirosław J. Hoffmann: Die Geschichte der Archäologie in Ostpreußen. Von ihren Anfängen im 18. Jahrhundert bis in das Jahr 1920. Husum Druck- und Verlagsgesellschaft, Husum 2018, ISBN 978-3-89876-899-3, S. 26.
Johann Joseph Ignaz von Döllinger:Johannes Voigt (Nachruf). In: Sitzungsberichte der königl. bayer. Akademie der Wissenschaften zu München. Band2, 1863, S.394–399 (online[PDF; abgerufen am 9.Mai 2017]).
Die Urkundenbände zur Geschichte Preußens sind nicht zuletzt deshalb bedeutend, weil der Verbleib dieser Quellen ungesichert bzw. unbekannt ist. Vgl. Sven Ekdahl: Eine von Johannes Voigt veranlaßte Abschriftensammlung von Deutsch-Ordens-Archivalien im Staatlichen Historischen Archiv Litauens. In: Preußische Landesgeschichte. Festschrift für Bernhart Jähnig zum 60. Geburtstag, hrsg. von Udo Arnold, Mario Glauert, Jürgen Sarnowsky (= Einzelschriften der Historischen Kommission für ost- und westpreußische Landesforschung 22), Marburg 2001, S. 597–604; Alexander Baranov: Der Dienstnachlass von Johannes Voigt (Staatsarchiv Königsberg) in der Russischen Staatsbibliothek in Moskau. In: Jahrbuch Preußenland N. F., Bd. 2 (2011), S. 91–113.
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