Hottinger studierte in Zürich, Genf, Groningen und Leiden orientalische Sprachen und Theologie. In Groningen besuchte er Vorlesungen bei Jacob Alting, in Leiden jene seines Lehrers und Förderers Jacobus Golius. Nachdem er England und Frankreich bereist hatte, wurde er 1642 in Zürich Professor der Kirchengeschichte, 1648 der Theologie und der orientalischen Sprachen und 1653 ordentlicher Professor der Rhetorik und Logik.
Zwei Jahre später folgte er einem Ruf des Kurfürsten Karl Ludwig von der Pfalz als Professor für das Alte Testament und Hebräisch nach Heidelberg. Als Rektor erneuerte er das Heidelberger Collegium Sapientiae, kehrte aber 1661 auf Wunsch des Zürcher Rats nach Zürich zurück und erhielt hier die Würde eines beständigen Rektors des Collegium Carolinum.
1664 reiste er als Zürcher Gesandter zu protestantischen Reichsfürsten und in die Niederlande.
Im Begriff, einem Ruf an die Universität Leiden zu folgen, ertrank er auf dem Weg zu seinem Landgut in Unterengstringen bei der Rettung von Reisenden mit dreien seiner Kinder bei der heutigen Kornhausbrücke in der Limmat.[1] Das aufsehenerregende, in Klageschriften und Druckgraphiken öffentlich erinnerte Unglück hatte ein im Hochwasser verborgener Pfahl verursacht, auf den der zum Transport verwendete Weidling aufgefahren war.[2]
Zu seinen Söhnen gehörten der Hebraist Johann Heinrich Hottinger (1647–1692), der Arzt und Physiker Salomon Hottinger (1649–1713), der Theologe Johann Jakob Hottinger (1652–1735) und der Arzt und Numismatiker Johann Konrad Hottinger (1655–1730).
Hottinger, der schon zeitgenössisch als einer der wichtigsten Vertreter der Zürcher reformierten Gelehrsamkeit galt, publizierte zahlreiche Werke über die Zürcher und europäische Reformations- und Kirchengeschichte, die Geschichte von Staat und Stadt Zürich und über theologische Streitfragen. Im Bereich der Orientalistik treten Abhandlungen über semitische Sprachen, orientalische Geschichte und Altertumskunde sowie Grammatiken hervor. Seine umfassende Belesenheit zeichnet sich in umfangreichen von ihm verfassten Katalogen und Bibliographien unter anderem der arabischen Literatur der Universitätsbibliothek Leiden und der Bestände der Zürcher Bürgerlichen Bibliothek ab.
Etymologicon orientale, sive Lexicon harmonicum heptaglotton (Heidelberg 1661)
Speculum Helvetico-Tigurinum pentágōnon, quo, breviter & succincte, de Helvetiorum, Tigurinorum cumprimis, agitur statu... (Zürich 1665). doi:10.3931/e-rara-9883
Johann Heinrich Hottinger: Stammbuch (=Album amicorum). Zürich etc., 1638–1654, Zentralbibliothek Zürich, Handschriften, Ms D 207 ac. doi:10.7891/e-manuscripta-53861
Gustav Adolf Benrath: Reformierte Kirchengeschichtsschreibung an der Universität Heidelberg im 16. und 17. Jahrhundert (= Veröffentlichungen des Vereins für pfälzische Kirchengeschichte. Band 9). Zechnersche Buchdruckerei, Speyer 1963, insbes. S. 79–104, OCLC720141550.
Fritz Büsser: Johann Heinrich Hottinger und der „Thesaurus Hottingeranus“, in: Zwingliana 22 (1995), S. 85–108 (Digitalisat)
Hottinger d. Ä. In: Dagmar Drüll: Heidelberger Gelehrtenlexikon 1652-1802, Berlin, Heidelberg; Springer-Verlag, 1991, S. 71–72.
Seth Jerchower und Heidi G. Lerner: Johann Heinrich Hottinger and the Systematic Organisation of Jewish Literature. In: Judaica Librarianship, Journal of the Association of Jewish Libraries, 13 (2007), S. 1–25. doi:10.14263/2330-2976.1080
Jan Loop: Johann Heinrich Hottinger: Arabic and Islamic Studies in the Seventeenth Century. Oxford: Oxford-Warburg Studies, 2013, ISBN 978-0-19-968214-0.
Jan Loop: The Swiss Orientalist Johann Heinrich Hottinger and the Leiden Manuscript Collection. Omslag. Bulletin van de Universiteitsbibliotheek Leiden en het Scaliger Instituut 9 (2012), S. 4-6.
Mühling, Andreas: Wiederaufbau und Konfessionelle Union. Johann Heinrich Hottinger in Heidelberg 1655–1661. In: Zwingliana 22 (2000), S. 47–62. (Digitalisat)
Ferenc Postma und Arian Verheij: In Signum Benevoli Affectus II. Menasseh Ben Israels‘s Album Inscription for Johann Heinrich Hottinger. In: Zutot: Perspectives on Jewish Culture, 2009, S. 75–79.
Pressel: Hottinger, Johann Heinrich. In: Johann Jakob Herzog (Hrsg.): Real-Encyklopädie für protestantische Theologie und Kirche, 6. Band, Stuttgart/Hamburg 1856, S.287–290 (GoogleBooks).
Sarah Rindlisbacher: Mit Gottes Segen und obrigkeitlichem Auftrag. Die Zürcher Gesandtschaftsreise von Johann Heinrich Hottinger zu protestantischen Reichsfürsten und in die Niederlande 1664. In: Philippe Rogger, Nadir Weber (Hrsg.): Beobachten, Vernetzen, Verhandeln. Diplomatische Akteure und politische Kulturen in der frühneuzeitlichen Eidgenossenschaft (= Itinera. Beiheft zur Schweizerischen Zeitschrift für Geschichte. Band 45). Schwabe, Basel 2018.
Sandro Zimmerli:[Hottinger und sein Landsitz in:] Alte Zürcher Landsitze. Als die noble Gesellschaft das Limmattal entdeckte. In: Limmattaler Zeitung. 9.April 2016 (limmattalerzeitung.ch).