Fürst Joachim Ernst nahm die Konkordienformel von 1577 nicht an, sondern erließ 1585 eine gesonderte Bekenntnisformel. Im Jahr 1589 verlangte sein Nachfolger, Fürst Johann Georg von Anhalt, die Abschaffung des Exorzismus in der Taufe. Arndt lehnte dies ab und weigerte sich, sich dem neuen Bekenntnis zu unterwerfen. Am 10. September 1590 gab Arndt eine entsprechende Erklärung ab. Wenige Tage später wurde ihm das Amt entzogen und er wurde des Landes verwiesen. Arndt vermutete zu Recht, dass dieses Bekenntnis nur der erste Schritt zum Übertritt des Fürstentums Anhalt zum Calvinismus sein würde. 1596 führte Fürst Johann Georg den Calvinismus ein. 1590 nahm Arndt deshalb eine Pfarrstelle an der Nikolaikirche in Quedlinburg an, wo er bis 1599 blieb. Anschließend wirkte er als Pfarrer und Autor in Braunschweig (bis 1609), in Eisleben und von 1611 bis 1621 als Generalsuperintendent in Celle.
Die vielfältigen geistlichen Impulse Arndts lösten einerseits den heftigen Widerspruch Lucas Osianders aus, mündeten aber letztlich in der Bewegung des deutschen Pietismus. Arndts Werke wurden in die meisten europäischen und viele außereuropäische Sprachen übersetzt. Mit Simeon Todorskis 1735 in Halle erschienener Übertragung der Vier Bücher vom wahren Christentum begann eine schwer zu überschätzende Wirkungsgeschichte in Russland. Nach fast einem Jahrzehnt unkontrollierter Verbreitung in Russland wurde Arndts Werk hier 1743 aufgrund fehlender Zensur verboten. Unter anderem die drei später heiliggesprochenen Bischöfe Tichon von Sadonsk, Arseni Mazejewitsch und Makari Glucharew gebrauchten nachweislich die russische Übersetzung des Erbauungsbuches.[5]
Die von 1953 bis 1955 neu erbaute Edderitzer Kirche erhielt am 23. Oktober 1955 seinen Namen.
Von wahrem Christenthum, Buch 1. Rosen, Frankfurt am Main 1605.
Vier Bücher Von wahrem Christenthumb […]. Francke, Böel, Magdeburg 1610.
Paradiesgärtlein voller christlicher Tugenden, wie solche zur Übung des wahren Christentums durch andächtige, lehrhafte und trostreiche Gebete in die Seele zu pflanzen. Magdeburg 1612.
Auslegung des ganzen Psalters in 451 Predigten. Jena 1617.
Postilla: Das ist: Außlegung und Erklärung der Evangelischen Texte/ so durchs gantze Jahr an den Sontagen und vornehmen Festen/ auch der ApostelTage gepredigt werden. Jena 1616–1620 (in vier Teilen).
Ab 1695 erschienen die Vier Bücher, das Paradiesgärtlein und weitere Schriften unter dem Titel Sechs Bücher vom wahren Christentum.
Herrn Johann Arndts, Weiland General-Superintendentens des Fürstenthums Lüneburg, Sechs Bücher vom Wahren Christenthum, Das ist: Von heilsamer Busse, hertzlicher Reu und Leid über die Sünden, und wahrem Glauben, auch heiligem Leben und Wandel der rechten wahren Christen. Erfurt 1745. (Digitalisat).
Johann Arnd’s sechs Bücher vom wahren Christentum nebst dessen Paradies-Gärtlein. (Digitalisat der Ausgabe von 1860 in der Digitalen Bibliothek Mecklenburg-Vorpommern)
Johann Friedrich Arndt: Johann Arndt, weiland General-Superintendent des Fürstenthums Lüneburg. Ein biographischer Versuch. Oemigke, Berlin 1838. (Digitalisat in der Digitalen Bibliothek Mecklenburg-Vorpommern)
August Wildenhahn: Johannes Arndt: Ein Zeitbild aus Braunschweig’s Kirchen- und Stadtgeschichte. Leipzig 1847; archive.org.
Fritz Roth: Restlose Auswertungen von Leichenpredigten für genealogische und kulturhistorische Zwecke. Selbstverlag, Boppard/Rhein 1976, Band 9, S. 351. (R 8630)
Dietmar Peil: Zur Illustrationsgeschichte von Johann Arndts »Vom wahren Christentum«mit einer Bibliographie. In: Archiv für Geschichte des Buchwesens. Jg. 18 (1977), Sp. 963–1066 (epub.ub.uni-muenchen.de).
Joachim Arndt: Das Leben und Wirken von Johann Arndt. Der Reformator der Reformation (1555–1621). Missionsverlag der Evangelisch-Lutherischen Gebetsgemeinschaften, Bielefeld 1998, ISBN 3-929602-53-9.
Hans Schneider: Der fremde Arndt. Studien zu Leben, Werk und Wirkung Johann Arndts. Göttingen 2006, ISBN 3-525-55833-3 [mit den obengenannten Feststellungen zum wahrscheinlichen Geburtsort und zum Studiengang].
Hans Otte, Hans Schneider (Hrsg.): Frömmigkeit oder Theologie. Johann Arndt und die „Vier Bücher vom wahren Christentum“ (= Studien zur Kirchengeschichte Niedersachsens. Band 40). V & R Unipress, Göttingen 2007, ISBN 978-3-89971-386-2.
Dirk Fleischer: Johann Arndt als Erbauungsschriftsteller. In: Ders.: Erfüllte Zeit. Historisch-theologische Versuche. Reken 2009, ISBN 3-9809744-5-6, S. 28–37.
Stefan Reichelt: Johann Arndts »Vier Bücher von wahrem Christentum«in Russland. Vorboten eines neuzeitlichen interkulturellen Dialogs. Evangelische Verlagsanstalt, Leipzig 2011, ISBN 978-3-374-02863-4.
Wolfgang Sommer: Die Spiritualität zwischen lutherischer Orthodoxie, Mystik und Pietismus am Beispiel von Johann Arndt (1555–1621). In: Peter Zimmerling (Hrsg.): Handbuch Evangelische Spiritualität. Band 1: Geschichte. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 2017, ISBN 978-3-525-56719-7, S. 213–238.
Hans-Jürgen Hoeppke:Arndt, Johann (1555–1621). In: Helmut Burkhardt und Uwe Swarat (Hrsg.): Evangelisches Lexikon für Theologie und Gemeinde. Band1. R. Brockhaus Verlag, Wuppertal 1992, ISBN 3-417-24641-5, S.134.
dies lässt sich jedoch anhand der Wittenberger Matrikel nicht nachweisen. Als unmöglich kann dies jedoch nicht gelten, da die Wittenberger Matrikel auch Lücken aufweisen
Stefan G. Reichelt: Johann Arndts Vier Bücher von wahrem Christentum in Rußland. Ein frühes Kapitel der west-osteuropäischen geistigen Integration In: Frömmigkeit oder Theologie. Göttingen, 2007, S. 315–335 dr-stefan-reichelt.de (PDF; 275kB) Abgerufen am 27. Dezember 2010.
Frieder Schulz: Das Gedächtnis der Zeugen – Vorgeschichte, Gestaltung und Bedeutung des Evangelischen Namenkalenders. In: Jahrbuch für Liturgik und Hymnologie, Band 19. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1975, S.69–104, Namenliste S.93–104 (Digitalisat)