Jackson wuchs in Miami und Washington D.C. auf und studierte an der George Washington University mit dem Bachelor-Abschluss in Zoologie 1965 und dem Master-Abschluss 1967 und wurde 1971 an der Yale University in Geologie promoviert. Er wurde 1971 Assistant Professor an der Johns Hopkins University, 1977 Associate Professor für Meeresökologie und 1981 Professor für Ökologie. Außerdem war er ab 1979 am Woods Hole Meeresforschungsinstitut. Später war er am Scripps Institute of Oceanography in La Jolla. Ab 1994 war er auch als Senior Scientist am Tropical Research Institute in Panama der Smithsonian Institution, für die er seit 1976 forscht.
1976 und 1978 war er Gastprofessor am Discovery Bay Marineforschungsinstitut in der Karibik.
Er befasste sich anfangs mit Bryozoen und seine paläontologischen und genetischen Arbeiten dazu unterstützten den Punktualismus von Stephen Jay Gould und Niles Eldredge. Er war leitender Wissenschaftler im Projekt der Smithsonian Institution über die Evolution des Ökosystems in Panama und Umgebung und forschte über Ökologie und Evolution von Korallenriffen im Pleistozän und der Gegenwart. Er rekonstruierte die Entwicklung mariner Ökosysteme über die letzten Jahrhunderte und deren Änderung durch Eingriff des Menschen (Überfischung u.a.). Das führte zu einigen in den 2000er Jahren kontrovers diskutierten Artikeln in Science.
Er ist mit der Meeresbiologin (ebenfalls Spezialistin für Korallenriffe) Nancy Knowlton verheiratet.
Herausgeber mit Scott Lidgard, Frank McKinney: Evolutionary Patterns. Growth, Form and Tempo in the Fossil Record, In honor of Alan Cheetham, University of Chicago Press 2001
mit L. W. Buss: Allelopathy and spatial competition among coral reef invertebrates. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, Band 72, 1975, S. 5160–5163
mit A. H. Cheetham: Evolutionary significance of morphospecies: a test with cheilostome bryozoa. In: Science. Band 248, Nummer 4955, Mai 1990, S.579–583, doi:10.1126/science.248.4955.579, PMID 17791464.
mit A. H. Cheetham: On the importance of nothing doing: an exhaustive study of tiny bryozoans supports the idea of punctuated equilibrium, Natural History, Band 103, 1994, S. 56–59
mit Cheetham, L. C. Hayek: Quantitative genetics of bryozoan phenotypic evolution, 2 Teile, Evolution, Band 47, 1993, S. 1526–1538, Band 48, 1994, S. 360–375
Reefs since Columbus. Coral Reefs, Band 16, 1997, S23-S32
Competition on marine hard substrata: the adaptive significance of solitary and colonial strategies. American Naturalist, Band 111, 1977, S. 743–767
mit anderen: Historical overfishing and the recent collapse of coastal ecosystems. Science, Band 293, 2001, S. 629–638
mit Kenneth G. Johnson: Measuring past biodiversity. Science, Band 293, 2001, S. 2401–2403.
mit J. C. Ogden, E. Sala u.a.: Reassessing U. S. coral reefs. Science, Band 308, 2005, S. 1741–1742
mit N. Eldredge, D. Jablonski u.a.: The dynamics of evolutionary stasis. Paleobiology, Band 31 (Supplement S), 2005, S. 133–145
mit J. M. Pandolfi, E. Sala u.a.: Are US coral reefs on the slippery slope to slime? Science, Band 307, 2005, S. 1725–1726.
mit B. Worm u.a.:Impacts of biodiversity loss on ocean ecosystem services. Science, Band 314, 2006, S. 787–790
mit L. McClenachan, M. J. H. Newman: Conservation implications of historic sea turtle nesting loss. Frontiers in Ecology and Environment, Band 4, 2006, S. 290–296
mit D. H. Erwin: What can we learn about ecology and evolution from the fossil record? Trends in Ecology and Evolution, Band 21, 2006, S. 322–328
mit M. J. H. Newman, G. A. Paredes, E. Sala: Structure of Caribbean coral reef communities across a large gradient of fish biomass. Ecology Letters, Band 9, 2006, S. 1216–1227
mit H. K. Lotze u.a.: Depletion, degradation, and recovery potential of estuaries and coastal seas. Science, Band 312, 2006, S. 1806–1809
Evolution and extinction in the brave new ocean. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, Band 105 (Suppl. 1), 2008, S. 11458–11465
mit N. Knowlton: Shifting baselines, local impacts, and climate change on coral reefs. PloS Biology, Band 6, 2008, S. 215–220