Seine Eltern waren Junker Caspar Murer († 1588), Hauptmann im französischen Schweizerregiment Gallati, und Salome Bodmer (1564–1623) aus Zürich. Durch die erneute Heirat seiner Mutter mit dem Luzerner Bannerherrn und SchultheissenLudwig Pfyffer von Altishofen (1524–1594) erwarb er das Luzerner Bürgerrecht. Er besuchte die Jesuitenkollegien in Luzern (1602–1608) und Pruntrut und absolvierte wie seine Halbbrüder, Christoph und Hans Ludwig Pfyffer von Altishofen, ein Studium der Philosophie an der Sorbonne in Paris. Bereits 1613 in die Kartause Ittingen eingetreten, legte er 1614 die Profess ab. Sein Halbbruder Johann Ludwig Pfyffer vermachte dem Kloster eine Schenkung von 12'000 Gulden, die „Donatio Pfyfferiana“, sowie eine Stiftung für den Wiederaufbau des beim Ittingersturm zerstörten Klosters. Von 1628 bis zu seinem Tod war Heinrich Murer Prokurator der Kartause Ittingen. Daneben verfasste er zahlreiche kirchenhistorische Schriften, die als Teile seines unvollendet gebliebenen Hauptwerks Theatrum Ecclesiasticum Helvetiorum („geistlicher Schauplatz Helvetiens“) konzipiert waren. Sein Hauptwerk, die mit Kupferstichen von Rudolf Meyer versehene Helvetia Sancta, erschien auf Betreiben des Ittinger Priors Bruno Müller (ca. 1569–1651), der Murer eine biographische Skizze widmete, 1648 bei David Hautt in Luzern.
Trotz seines anspruchsvollen Amtes der wirtschaftlichen Klosterführung verfasste Murer die „Helvetia Sancta“, die erst 1648 mit 38 Kupferstichen herauskam[1] und 1751 eine Zweitauflage erlebte. Das 432-seitige Werk beschreibt das Leben zahlreicher Schweizer Heiliger, Seliger und katholischer Würdenträger in chronologischer Reihenfolge ihres Ablebens. Die reichhaltigen Illustrationen wurden von Rudolf Meyer aus Zürich nach Vorlagen von Hans Asper d.J. (gest. ca. 1655) gestochen. Die illustrierten Manuskripte des „Theatrum Ecclestiasticum Helvetiorum“ (Beschreibung von Klöstern, Stiften und Bistümern) in 23Bänden befinden sich seit der Säkularisation der Thurgauer Klöster im 19.Jahrhundert im Besitz der Kantonsbibliothek Thurgau, ebenso wie das Manuskript und ein Druck der Helvetia Sancta. Ob und wo das Manuskript des Breve Chronicon Ittingense erhalten ist, ist nicht bekannt, Abschriften davon befinden sich in der Zentralbibliothek Zürich und in der Zentral- und Hochschulbibliothek Luzern.
Michel Guisolan: Heinrich Murer (1588–1638), doi:10.5169/seals-585749#236. In: André Salathé (Hrsg.): Thurgauer Köpfe 1, 1996.
Margrit Früh: Der Kartäuser Heinrich Murer und der Weltpriester Modelius. Ein Vergleich ihrer Ittinger Chroniken der 1. Hälfte des 17. Jahrhunderts. In: Analecta Cartusiana 116.1, 1988, S. 117–139.
Joseph Schneller: Ehebrief des Ritters und Schultheissen Ludwigs Pfyffer mit seiner dritten Gattin Salome Bodmer. In: Der Geschichtsfreund 31, 1876, S. 254–258. doi:10.5169/seals-112985
Helvetia sancta seu paradisus sanctorum Helvetiae florum, das ist ein heyliger lustiger Blumen-Garten unnd Paradeiss der Heyligen […] nicht allein in Schweitzerland, sondern auch angräntzenden Orthen geleuchtet / zusammen gezogen vnnd beschrieben durch weyland den Ehrwürdigen vnd Wolgelehrten Herren P.F. Henricum Murer […]; mit schönen Abbildungen unnd Kupfferstücken geziehret, sampt aussführlichen Register aller Heyligen. Hautt, Lucern; Wien 1648.