1974 wurde das Fraunhofer-Institut für Festkörper-Technologie IFT gegründet.[2] Hier wurden Technologien für die Halbleiterfertigung entwickelt. Weitere Betätigungsfelder waren Sensortechnik, Kommunikationstechnik und Mikrostrukturtechnik. 1999 wurde das Fraunhofer IFT aufgelöst und in drei unabhängige Bereiche aufgeteilt. Der Bereich in der Hansastraße, das heutige Fraunhofer EMFT, wurde Institutsteil des Fraunhofer-Instituts für Zuverlässigkeit und Mikrointegration IZM, Berlin. Am 1. Juli 2010 ging das Fraunhofer EMFT wieder als selbstständige Einrichtung aus dem Fraunhofer-Institut für Zuverlässigkeit und Mikrointegration IZM, Institutsteil München, hervor.
Am 31. März 2015 erfolgte die Namensänderung der Fraunhofer-Einrichtung für Modulare Festkörper-Technologien in Fraunhofer-Einrichtung für Mikrosysteme und Festkörper-Technologien. Dabei wurde das Kürzel „EMFT“ beibehalten.[3]
Zur erneuten Namensänderung kam es als die Fraunhofer-Einrichtung am 1. März 2023 zum Fraunhofer-Institut wurde. Aus der Fraunhofer-Einrichtung für Mikrosysteme und Festkörper-Technologien wurde in dem Zuge das Fraunhofer-Institut für Elektronische Mikrosysteme und Festkörper-Technologien. Das Kürzel „EMFT“ blieb auch bei dieser Namensänderung bestehen.