Allien wuchs in Berlin-Tempelhof als Tochter einer alleinerziehenden Mutter auf.[3] Während ihrer Schulzeit absolvierte sie einen Austausch in England.[4] Im Alter von 17 Jahren zog sie in ein besetztes Haus und begann eine Akrobatikausbildung. Nebenher arbeitete sie im Schöneberger Club Fischlabor, der von Dimitri Hegemann gegründet wurde.[5]
Nach einem nicht beendeten Modedesignstudium kam Fraatz bei einem einjährigen Aufenthalt in London während des Second Summer of Love 1988 erstmals in Kontakt mit elektronischer Musik. Als sie nach Deutschland zurückkehrte, begann dort die „Techno-Welle“ und wenig später fiel die Mauer.
Sie zog in den Ostteil der Stadt und begann, sich für die Arbeit der DJs zu interessieren. Unter dem Namen Ellen Allien wurde sie dort Resident-DJ und legte ein Jahr später in den Berliner Clubs Bunker, Tresor und E-Werk auf. 1993 hatte sie bei dem Radiosender Kiss FM ihre eigene Show und gründete 1995 ein eigenes Plattenlabel namens Braincandy. Von 1994 bis 1995 bespielte sie sonntäglich zusammen mit Tanith im Globus des Tresor die Afterhour-Veranstaltung Club the Rest.[6] Das Label Braincandy gab sie nach der Schließung des E-Werks im Jahr 1997 auf, um es 1999 unter dem Namen BPitch Control Records weiter zu führen.
Die erste Veröffentlichung auf BPitch Control fand mit dem Album Stadtkind im Jahr 2001 statt. Musik von Sascha Funke, Paul Kalkbrenner und Toktok machte dieses Label in der Folgezeit weltweit bekannt.
2007 mixte Allien als erste Frau für die Fabric-Serie. Ein Jahr später erschien das Album Sool auf ihrem Label Bpitch Control. 2009 mixte sie die Watergate Vol.5 Compilation bei Watergate Records und begann mit der Arbeit für ihr neues Album Dust, welches am 21. Mai 2010 erschienen ist.
Danach arbeitete sie an der Musik für die Tanzperformance Drama Per Musica, die im März 2011 unter der Leitung von Alexandre Roccoli und Sevérine Rième in Paris uraufgeführt wurde. Das dazugehörige Album „LISm“ erschien 2013 und vereinte wie ihre DJ-Sets verschiedene musikalische Stile.[7] Der Nachfolger „Nost“ setzte auf Abwechslung innerhalb des elektronischen Spektrums. Somit kehrte Allien zu ihren technoiden Underground-Wurzeln zurück und blieb damit drei Jahrzehnte ihren Dancefloor-Prinzipien treu.[8]
2019 gründete Ellen Allien ihr neues Label UFO Inc. und feiert dies mit der Veröffentlichung ihrer eigenen EP Ufo.[9]
Thomas Winkler:Montagsinterview mit Ellen Allien: "Ich habe keine Techno-Grenze". In: Die Tageszeitung: taz. 31.Mai 2010, ISSN0931-9085 (taz.de[abgerufen am 20.November 2022]).