Im Jahr 1985 beauftragte ihn der Kanton Waadt, das Museum für Fotografie in Lausanne zu leiten.[5] Unter dem Namen Musée de l’Elysée wurde dieses weltberühmt. Charles-Henri Favrod blieb dessen Direktor bis zum Jahr 1996. Er verliess das Museum, um im Auftrag von Fratelli Alinari das Museo Nazionale Alinari della Fotografia in Florenz zu gründen, das im Jahr 2006 eröffnet wurde.[6] Der Fotohistoriker galt als einer der bedeutendsten Vermittler der Fotokultur in der Schweiz.[4]
La puissance du regard. Lausanne 1982, OCLC19120074.
Die Macht des Augenblickes. Photographien aus der Sammlung Charles-Henri Favrod. Zürcher Kunstgesellschaft, Stiftung für die Photographie, Zürich 1982, DNB860987132 (Ausstellung der Zürcher Kunstgesellschaft und der Stiftung für die Photographie im Helmhaus, Zürich, 5. März – 24. April 1983).
Musée de l’Elysée, Lausanne. Un musée pour la photographie. Genf 1996, ISBN 88-7766-190-9.
mit Monica Beurer: Carole: Aus der Norm; Fotografien 1993–1997. Edition Frey, Zürich 1997, ISBN 3-905509-20-2 (Mit Texten von Charles-Henri Favrod […] einem Essay von Patrick Frey und einem Nachwort von Claudia Gabriele Philipp).