Stich De Academia van Vrieslant aus Winsemius, Chronique van Frieslant, Frjentsjer 1622
Die Universität Franeker wurde am 15. Juli 1585 von der friesischen Provinzregierung, den Provinzstaaten, gegründet, um reformierte Prediger und Beamte für den neuen Staat auszubilden. Die Wahl fiel auf Franeker, da dort ehemalige Klostergebäude zur Verfügung standen und die Stadt während des Kriegs gegen Spanien sicherer war als die friesische Hauptstadt Leeuwarden.
Die Universität wurde aus eingezogenem Kirchengut finanziert und erhielt als Aufsicht vier Kuratoren, die von den Provinzstaaten ernannt wurden. Die reformierte Kirche hatte keinen direkten Einfluss.
Während des Goldenen Zeitalters im siebzehnten Jahrhundert erlebte die Universität eine Blüte. Sie wurde von zahlreichen ausländischen Studenten besucht, die zeitweise die Hälfte der Studenten ausmachten. Sie kamen vor allem aus reformierten Gebieten in Deutschland und Ungarn. Im achtzehnten Jahrhundert nahm die Bedeutung der Universität ab und sie hatte nur noch regionale Bedeutung. Nachdem das Französische Kaiserreich 1810 das Königreich Hollandannektiert hatte, blieben nur drei Universitäten erhalten: Leiden, Utrecht und Groningen. Die Universität Franeker wurde im Folgejahr geschlossen.
Von 1813 bis 1843 bestand sie noch als Athenaeum (Akademie ohne Universitätsstatus) weiter.
In Deutschland bestand mit der Hohen Schule Herborn eine vergleichbare calvinistische Bildungseinrichtung, zu der auch ein reger Kontakt bestand.
Foppe van Aitzema (1580–1637), Student, wurde später Jurist und Diplomat
Johann Jacob Wissenbach (1607–1665), Student und später Rechtsprofessor und Rektor der Universität
Jacob van Sluis: University of Franeker. In: Wiep van Bunge (Hrsg.): The dictionary of seventeenth and eighteenth-century Dutch philosophers. Bd. 1: A–J, Thoemmes Press, Bristol 2003, S. 314–317.
Willem Roelf Henderikus Koops: Academisch onderwijs in Franeker en Groningen, 1585–1843, ijver en wedijver. Universiteitsmuseum, Groningen 1985.
Goffe Theunis Jensma, Franck R.H. Smit (Hrsg.): Universiteit te Franeker, 1585–1811. Bijdraagen tot de geschiedenis van de Friese Hogeschool. Fryske Akademy, Leeuwarden 1985, ISBN 90-6171-648-9.
Johannes van den Berg: Theologiebeoefening te Franeker en te Leiden in de achttiende eeuw. In: It Beaken. Meidielingen fan de Fryske Akademy, ISSN0005-738X Jg. 47 (1985), Nr. 4, S. 181–194.