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oxDNA ist ein Framework zur Modellierung von Molekulardynamik-Simulationen. Es wurde von einer Forschungsgruppe der Oxford University erstellt[1]. Anders als bei All-Atom-Modellen verfolgen die Entwickler eine coarse-grained Strategie bei oxDNA.
| OxDNA | |
|---|---|
| Basisdaten | |
| Hauptentwickler | Oxford University |
| Entwickler | Oxford University |
| Betriebssystem | macOS, Linux, Windows |
| Programmiersprache | C++ |
| Kategorie | Molekulardynamik-Simulation |
| https://dna.physics.ox.ac.uk/index.php/Main_Page | |
Eine Simulation kann nach Installation des oxDNA packages über den Befehl path/to/oxDNAexecutable input_file gestartet werden. Alle relevanten Informationen zur Simulation können im input_file spezifiziert werden. Jede Simulation benötigt jedoch stets ein Topologie File und ein Configuration File, dessen Pfade oxDNA aus dem input_file liest.[1] Weitere Informationen finden sich auf der Dokumentationsseite[2] des Herstellers.
- cadnano[7] – Erstellung von DNA-origami Strukturen, welche nach Umwandlung durch tacoxdna simuliert werden können
- Molekulardynamik-Simulationen
- Monte Carlo Simulation
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