Das Institut wird am 3. April 1918 unter der königlich-bayerischen Regierung als öffentlich-rechtliche Stiftung gegründet. Durch die Inflation 1923 geht das Stiftungsvermögen verloren, es erfolgt eine Angliederung an das "Universitätslaboratorium für Angewandte Chemie" der Universität München. Im Jahr 1944 werden die Institutsräume und fast das gesamte Institutseigentum durch Luftangriffe zerstört, 1946 erfolgt die Wiederaufnahme der Forschungsarbeiten in behelfsmäßigen Unterkünften.
Im Jahr 1948 wird die Finanzierung des Instituts vom Bayerischen Staatsministerium für Unterricht und Kultus und dem Bundesministerium für Ernährung, Landwirtschaft und Forsten übernommen, 1977 wird die Stiftung in die sogenannte Blaue Liste aufgenommen. Im gleichen Jahr bezieht das Institut neue Räume im Gebäude der Fakultät für Chemie in Garching bei München. Im Jahr 2010 wird die Einrichtung nach Freising verlegt. 2017 droht der Forschungsanstalt aufgrund von Betrug und Veruntreuung von Geldern durch Verwaltungsmitarbeiter die Insolvenz, welche aber abgewendet werden kann.[1] Im selben Jahr erfolgt eine strukturelle und wissenschaftlich-strategische Neuausrichtung des Instituts. Infolgedessen wird es zum Leibniz-Institut für Lebensmittel-Systembiologie an der Technischen Universität München umbenannt.
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