Die Bonner Burschenschaft Frankonia wurde am 11. Dezember 1845 von zwölf Studenten gegründet, ihr erster Sprecher war Bernhard Gudden. Sie war eine Abspaltung der allgemeinen Burschenschaft Fridericia.
In den kommenden Jahrzehnten passte sich die Bonner Frankonia ebenso den Tendenzen des Wilhelminismus an wie die anderen Verbindungen.
Das erste für eine Korporation gebaute Haus in Bonn bezog die Burschenschaft Frankonia 1888 in der heutigen Römerstraße (damals Rheindorfer Weg 13).[2]
Am 11. Juli 1908 gründete sich der „Verein Alter Bonner Franken“ und festigte so das Lebensbundprinzip.[3]
Im August 1920 erwarb Frankonia das Haus in der Bonner Baumschulallee 14.
Während des rheinischen Separatismus setzten sich Bonner Franken für den Verbleib des Rheinlandes im Deutschen Reich ein, manche mussten die Besatzungszone verlassen.[4]
Nach 1945 gründete sich die Frankonia als „Akademischer Carl-Schurz-Bund“ an der Universität Bonn neu, 1950 durfte sie wieder den Namen „Bonner Burschenschaft Frankonia“ führen.
Seit 1956 hat die Frankonia ihr Domizil in der Lennéstraße 10, unweit vom Universitätshauptgebäude und dem Juridicum.
Nach schwieriger Debatte beschloss der Verein alter Bonner Franken am 29. Juni 2013 den Austritt aus der Deutschen Burschenschaft, aufgrund deren politischen Tendenzen, die schon seit Jahren Diskussionsgegenstand gewesen waren. Seitdem gehört die Bonner Burschenschaft Frankonia dem Verband nicht mehr an, an dessen Gründung sie beteiligt war.
Anders als viele andere Verbindungen kennt die Bonner Burschenschaft Frankonia kein Fuchsenband. Der Fuchsmajor heißt „Fuchskränzchenführer“.
Typisch für die Bonner Franken sind außerdem:
die Bezeichnung „Franke“ statt „Frankone“ seit den 1880er Jahren
die Anrede „Frankenbruder“ statt „Bundesbruder“
die Bezeichnung „Frankenschwester“ für die Witwen ihrer Mitglieder
der achtzeilige Leibvers, der vom Leibburschen auf die Eigenheiten seines Leibfuchsen gedichtet und zum (frankenintern gefeierten) alljährlichen Stiftungstag gesungen wird.
Die Burschenschaft Frankonia Bonn ist pflichtschlagend (zwei Pflichtmensuren). Als „weiße“ Burschenschaft legt sie besonderes Augenmerk auf ihr korporatives Zusammenleben und gesellschaftliche Umgangsformen.
Seit ihrem Bestehen setzte sie sich für die Eigenständigkeit der Einzelbünder im Verband Deutsche Burschenschaft ein.
Seit 2006 besteht zwischen den Aktivitates der Burschenschaften Germania Königsberg zu Hamburg und Frankonia Bonn ein offizielles Freundschaftsverhältnis.
Nach dem Austritt aus der Deutschen Burschenschaft gründete Frankonia 2014 die Arbeitsgemeinschaft deutscher Burschenschaften (AdB) mit den Burschenschaften Germania Königsberg zu Hamburg, Alte Königsberger Burschenschaft Alemannia in Kiel, Obotritia Rostock, Normannia Leipzig und der Alten Straßburger Burschenschaft Germania zu Tübingen.
Hendrik Apetz (1910–2011), Unternehmer, Königlich Schwedischer Konsul
Carl von Arnim (1831–1905), Regierungspräsident des Regierungsbezirks Stralsund
Hugo Lemcke (1835–1925), Geheimer Regierungsrat, Gymnasialprofessor und Schuldirektor sowie Altertumsforscher in Stettin, Vorsitzender der Gesellschaft für Pommersche Geschichte und Altertumskunde
Klaus Peter Möller (* 1937), Präsident des Hessischen Landtags 1988–1991 und 1995–2003 (ausgetreten 2004)
Friedrich Nietzsche (1844–1900), Mitglied vom Wintersemester 1864/65–1865/66, Philosoph[8], nach einem Jahr Mitgliedschaft ausgetreten[9]; focht die erste Bonner Verabredungsmensur
Johannes Schmidt (1843–1901), Sprachwissenschaftler und führender Vertreter der Berliner Schule der Indogermanistik, gilt als Begründer der „Wellentheorie“ in der vergleichenden Sprachforschung
Carl Schurz (1829–1906), eine der führenden Kräfte der Revolution im Jahre 1848 und amerikanischer Innenminister
Anton Schütz (1861–1919), Bürgermeister und Landtagsabgeordneter
Heinrich Steinmetz (1835–1915), preußischer Politiker (DRP) und Verwaltungsbeamter, Geheimer Oberregierungsrat, Kurator der Universität Marburg, Mitglied im Kommunallandtag Kassel
Eduard Stieger (1843–1930), Mitglied des Preußischen Herrenhauses und Unterstaatssekretär im Ministerium der öffentlichen Arbeiten
Adolf Strodtmann (1829–1879), Publizist und Dichter zur Zeit der Deutschen Revolution 1848/1849 in Bonn, Herausgeber der Werke Heines
Ernst Eduard Taubert (1838–1934), Komponist, Musikkritiker und Musikpädagoge (Mitglied 1858–1860)
Hans-Georg Balder: Die Deutsche(n) Burschenschaft(en) – Ihre Darstellung in Einzelchroniken. Hilden 2005, S. 71–72.
Hans-Georg Balder: Frankonia-Bonn 1845–1995. Die Geschichte einer deutschen Burschenschaft. WJK, Hilden 2006, ISBN 3-933892-26-0.
Michael Doeberl, Alfred Bienengräber (Hrsg.): Das akademische Deutschland. Band 2: Die deutschen Hochschulen und ihre akademischen Bürger. C. A. Weller, Berlin 1931. S. 667.
Sonja Kuhn:Die Deutsche Burschenschaft - eine Gruppierung im Spannungsfeld zwischen Traditionsformalismus und Traditionsstiftung - eine Analyse für den Zeitraum 1950 bis 1999. Hrsg.: Altherrenverband der Burschenschaft Hilaritas Stuttgart. Eigenverlag der Burschenschaft Hilaritas, Stuttgart 2002, ISBN 3-00-009710-4, S.212–214.