Naturstyrelsen under Miljøministeriet har udarbejdet 257 Natura 2000-planer for Internationale naturbeskyttelsesområder i Danmark. Der er udpeget 254 habitatområder, 113 fuglebeskyttelsesområder, og 27 ramsarområder; det giver mere end 246 områder i alt, da nogle områder hører under flere kategorier, og/eller flere områder indgår i samme naturplan.
Ved hvert naturbeskyttelsesområde er angivet nummer og navn, samt Naturstyrelsens nummer for det eller de EU-habitatområder (H) [1][2] , fuglebeskyttelsesområder (F) [3][4]og Ramsarområder (R) [5][6], som det enkelte område dækker.
- 9: Strandenge på Læsø og havet syd herfor (H9, F10, R10)
- 21: Ejstrup Klit, Egvands Bakker og Lien med Underlien (H193, H219)
- 54: Yding Skov og Ejer Skov (H50)
- 77: Uldum Kær, Tørring Kær og Ølholm Kær (H66, F44)
- 79: Munkebjerg Strandskov (H68)
- 83: Blåbjerg Egekrat, Lyngbos Hede og Hennegårds Klitter (H72)
- 86: Vejen Mose (H75, F54)
- 87: Nørrebæk ved Tvilho (H76)
- 89: Vadehavet (H78, H86, H90, H239, F49, F51, F52, F53, F55, F57, F60, F65, F67, R27)
- 94: Rinkenæs Skov, Dyrehaven og Rode Skov (H83, F68)
- 96: Bolderslev Skov og Uge Skov (H85)
- 104: Lilleskov og Troldsmose (H189)
- 106: Mandbjerg Skov (H201)
- 108: Æbelø, havet syd for og Nærå (H92, F76, R16)
- 113: Urup Dam, Brabæk Mose, Birkende Mose og Illemose (H97)
- 117: Kajbjerg Skov (H101)
- 124: Maden på Helnæs og havet vest for (H108)
- 152: Vallø Dyrehave (H198)
- 160: Nordlige del af Sorø Sønderskov (H141)
- Natura 2000-område nr. 165: Sprogø og Halskov Rev (F98) er udgået
- 176: Krenkerup Haveskov (H155)
- 183: Busemarke Mose og Råby Sø (H192)
- 192: Læsø Trindel og Tønneberg Banke (H168)
- 195: Schultz Grund (H171)
- 202: Lønstrup Rødgrund (H202)
- 204: Hastens Grund (H204)
- 208: Bøchers Grund (H208)
- 211: Hvideodde Rev (H211)
- 212: Bakkebrædt og Bakkegrund (H212)
- 213: Randkløve Skår (H213)
- 215: Tislum Møllebæk (H215)
- 216: Saltum Bjerge (H248)
- 217: Nymølle Bæk og Nejsum Hede (H217)
- 222: Villestrup Ådal (H222)
- 223: Kastbjerg Ådal (H223)
- 225: Ovstrup Hede med Røjen Bæk (H249)
- 228: Stenholt Skov og Stenholt Mose (H228)
- 229: Bjerre Skov og Haslund Skov (H229)
- 231: Kobberhage kystarealer (H231)
- 232: Lillering Skov, Stjær Skov, Tåstrup Sø og Tåstrup Mose (H232)
- 235: Jægerspris Skydeterræn (H133)
- 237: Ringive Kommuneplantage (H237)
- 239: Ryegård Dyrehave, Bramsnæs og Garveriskov og Egernæs med holme og Fuglsø (H246, H247)
- 241: Rødme Svinehaver (H241)
- 243: Ebbeløkke Rev (H243)
- 246: Sydlige del af Nordsøen (F113)
- 247: Thyborøn Stenvolde (H256) 7.804 ha
- 248: Jyske Rev, Lillefiskerbanke (H257) 24.083 ha
- 249: Store Rev (H258) 2010 10.892 ha
- 250: Gule Rev (H259) 47.059 ha
- 251: Femern Bælt (H260) 11.456 ha
- 252: Adler Grund og Rønne Banke (H261) 31.910 ha
- 253: Stensbæk Plantage og Heder 767 ha
- 254: Sønderskoven og Lambjerg Indtægt 474 ha
- 255: Stigtehave, Bræmlevænge og Mørkholm Skov på Nordlangeland 391 ha
- 256: Bangsebro Skov og Sønder Kohave 153 ha
- 257: Halskov Vænge 42 ha
- 258: Rude Skov 579 ha
- 259: Folehave Skov 264 ha
- 260: Tokkekøb Hegn, Grønholt Hegn og Ny Hammersholt 1096 ha
- 261: Freerslev Hegn 274 ha
- 262: Annebjerg Skov og Ulkerup Skov 395 ha