To år senere blev Arius benådet og kejseren forlangte (forgæves) at han igen blev optaget i kirken i Alexandria. Samme år døde biskop Alexander af Alexandria, og Athanasius blev hans efterfølger.
Den enighed man håbede på udeblev. I folket var meningerne delte og blev fremført lidenskabeligt i hvert tilfælde. I løbet af nogle få år var kristenheden i østen dybt splittet. Alexandria var højborgen for tilhængerne af Treenigheden, trinitarerne, mens eksegeterne fra Antiochia var på Arius' side. Den følgende tid var præget af gensidige anklager mellem "nikænere" og arianere, af bagvaskelser, afvisninger, bandlysninger. Det arianske parti havde i årene efter Nikæa især fremgang inden for den højere gejstlighed og blandt de hellenistisk uddannede ved hoffet og i kejserens hushold, således at flertallet af biskopper frivilligt eller tvungent omkring 360 stemte ariansk. Der fandt forskellige arianske synoder sted, som mellem 340 og 360 tilsluttede sig fjorten forskellige ikke-trinitariske bekendelser.
En synode i Tyros og Jerusalem, hvor både Eusebius fra Cæsarea og Eusebios fra Nikomedia spillede en afgørende rolle, genoptog 335 Arius og hans trosfæller i kirken. Den samme synode afsatte Athanasius, og det lykkedes dem at få kejser Konstantin over på deres side. Athanasius blev forvist til Trier hvor han blev venner med Constantius II, kejser Konstantins søn. Om det faktisk forholder sig som Athanasius i sin Vita Antonii beretter om den hellige Antonius, at denne ilede til Alexandria fra sin ensomhed i Overægypten for at bistå sin ven Athanasius og redde ham fra bandlysning, må vurderes med forsigtighed.
336 døde Arius i Konstantinopel kort før den genoptagelse i kirken som kejseren havde forlangt; det fejrede den nikænske biskop af Konstantinopel som en guddommelig afgørelse (ty. Gottesurteil) – han havde forud bedt for at enten han selv eller Arius ikke skulle opleve den dag da Arius blev genoptaget i kirken.
337 døde kejser Konstantin efter at være blevet døbt af Eusebius af Nikomedia. Gravtalen blev holdt af Eusebius af Caesarea. Riget blev opdelt mellem Konstantins tre sønner: Constantius II fik den østlige del, Konstantin II fik Britannien og Gallien, Constans Italien og Illyrien. Constantius kaldte Athanasius tilbage til Alexandria hvor han blev modtaget med begejstring.
Arianeren Eusebius af Nikomedia blev 338 biskop i Konstantinopel, hvad der på det tidspunkt ansås som jævnstillet med biskoppen af Rom. Samme år afsatte et koncil i Antiochia Athanasius, som derved blev forvist for anden gang. Gregor fra Kappadokien blev indsat som biskop i Alexandria (ikke at forveksle med to andre kappadokiere Gregor fra Nazianz eller Gregor fra Nyssa, som da kun var i skolealderen). Samme år døde Eusebius fra Cæsarea.
Fra omkring 340 omvendte arianeren Wulfila goterne til den arianske kristendom. I de følgende årtier blev goterne en væsentlig faktor i den arianske strid, da de udgjorde en stor del af den kejserlige hær og dermed også havde politisk indflydelse.
Efter Konstantins II's død 340 blev Constans enehersker i den vestlige del af riget. Han støttede nikænerne, mens hans bror Constantius stod på arianernes side. Også biskop Julius I af Rom støttede trinitarerne, og anerkendte Athanasius som biskop, som i denne tid udviklede gode forbindelser til den romerske kurie.[note 3]
Så længe Konstantin den Store levede, havde bekendelsen fra Nikæa været uantastet, men efter hans død arbejdede "eusebianerne" energisk på igen at få ophævet formlen fra Nikæa. I Constans levetid skete det endnu (kun?) i moderat form. 341 og 344 blev der afholdt to arianske konciler i Antiochia. Alle de tilstedeværende biskopper var fra østen, de fleste imod Athanasius. De udformede fire arianske bekendelser, der snarere var moderate, som udelod homoousios, af samme væsen, og fordømte den yderliggående arianisme. De erklærede at de ikke var arianere, da de som biskopper ikke kunne følge en præst (Arius havde kun været præst). Dette år døde Eusebius fra Nikomedia.
Det koncil, som Constantius sammenkaldte i Serdica for igen at skabe enhed i kirken, blev en fiasko. Vesten var imod arianismen, østen for – begge sider fordømte hinanden. Også "arianerne" var splittede (Acacius fra Cæsarea, Basilius fra Ancyra og Aetios)
345 døde Gregor fra Kappadokien og det følgende år blev Athanasius igen indsat som biskop af Alexandria. Han blev igen modtaget med begejstring og arbejdede i de følgende ti år som biskop – og stadig som forkæmper for den trinitariske tro.
350 blev Constans, kejseren i den vestlige del af riget, myrdet. Constantius var dermed enehersker og planlagde at udrydde trinitarerne fra hele riget. 355 blev Athanasius bandlyst for tredje gang; denne gang tilbragte han tiden i Overægyptens ørken. Constantius indkaldte konciler i Arles (353), Milano (355) og Beziers (356), idet han under trusler om magt gennemførte fordømmelsen af Athanasius. Antallet forbløffede selv hedenske iagttagere: "Gaderne er fulde af galopperende biskopper".
På den arianske side fik det yderliggående parti mere vægt. På det tredje koncil i Sirmium (357) blev der udfærdiget en bekendelse som konsekvent tilsluttede sig en underordning af Jesus under Faderen; på koncilerne i Nikæa og Konstantinopel blev Jesus betegnet som "af lignende væsen" som Faderen, "homoiousios", og ikke "af samme væsen", homoousios (359). Hieronymus kommenterede tyve år senere: "Verden vågnede op med en stønnen og opdagede at den var ariansk".