V lidských střevech je přibližně 1013–1014 bakterií, přičemž buněk lidského těla je asi 1013. Jinými slovy, bakterií v lidském těle je stejně či až desetkrát více, než lidských buněk samotných.[1][2] Celkem ve střevě žije asi 500 druhů bakterií.[3] Hmotnostné dominantními mikroorganismy v tlustém střevě jsou bakterie, ty ve výsledku tvoří 60% hmotnostistolice.[4] Devadesát devět procent těchto bakterií však pochází z 30–40 nejběžnějších druhů.[5] Mimo bakterie jsou častými mikroorganismy v střevech i různé houby,[6]prvoci a viry (identifikováno přes 50 tisíc druhů virů),[7] o nichž se však zatím ví jen málo. Mikroflóra je specifická pro daného člověka.[8] Mikroflóra souvisí se stravou[9] i cvičením.[10] Silný vliv na složení střevní mikroflóry mají léky, které užíváme, např. se mění v reakci na imunoterapii nebo na chemoterapii.[11] Vliv má i sexuální chování a s ním spojené praktiky.[12]
Vědci se domnívají, že vztah mezi člověkem a mikroorganismy není komenzálismus (jednostranně výhodný vztah), ale spíše mutualismus (oboustranně výhodný vztah). Přestože lidé mohou žít bez střevní flóry, mikroorganismy vykonávají řadu užitečných funkcí. Fermentují nestrávené organické látky z potravy jako například celulózu na cukry, které pak mohou být využity jako zdroj energie.[13][14] Formují imunitní systém skrze uvolňování různých strukturních molekul a metabolických produktů, které následně regulují imunitní buňky.[15][16][17] Mnoho z imunomodulačních molekul zdravé mikroflóry je spjato s protizánětlivými nebo imunosupresivnímy účinky jako například Polysacharid A či mastné kyseliny s krátkým řetězcem.[18][16] Střevní mikroflóra dále zamezuje růstu patogenních druhů mikroorganismů a to buď jednoduše svou přítomností (tedy obsazením niky) nebo aktivní produkcí antimikrobiálních látek.[19] Mikrobiom ovlivňuje i vývoj střeva dodáváním zdrojů energie pro růst a stimulací bariérové funkce.[20][21] Efekt střevní mikroflóry však sahá i mimo střevo a to nejen systémovým rozšířením imunitních buněk ale i produkcí (popřípadě stimulací produkce) hormonů a neurotransmiterů.[22][23]
Symbiotický vztah může být narušen dysbiózou tedy stavem, kdy je složení mikrobiomu mimo rovnováhu. Některé druhy bakterií, které jsou ve zdravém složení neškodné se mohou stát v jiném kontextu oportunními patogeny.[24] Jiné mikroby jsou obligátně patogenní a mutualistický vztah s hostitelem neustavují vůbec. Dysbióza střevní mikroflóry může vést k narušení stimulů poskytovaných mikroby a je také proto spojována s onemocněními jako alergie, nespecifický střevní zánět nebo kolorektální karcinom.[25][26][27]
Bezprostředně před porodem je střevo plodu sterilní. Během porodu se do novorozence dostávají mikroby (Escherichia coli a enterokoky) z porodních cest matky, což ale neplatí pro porod císařským řezem. Skrze mateřské mléko kojenec čerpá především laktobacily a bifidobakterie z mléčných žláz, mimo toho mateřské mléko obsahuje ochranné faktory a mléčný cukr laktózu. Pokud se všechna laktóza nestačí v tenkém střevě rozložit, stane se v tlustém střevě potravou pro bifidobakterie, které u kojenců tvoří 90% střevní mikroflóry. Rozkladem laktózy vzniká kyselina mléčná, která zabraňuje usídlení patogenních bakterií. S přechodem na tuhou stravu četnost bifidobakterií klesá. Také antibiotika omezují mikroflóru. Složení také může mít vliv na rozvoj mozku.[28] Část mikroflóry se získává od otců a jiných zdrojů.[29]
Většina bakterií mikroflóry patří do rodů Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium,[5] dále Eubacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus a Bifidobacterium.[5] Výrazně nejčastější je rod Bacteroides, který tvoří 30% všech bakterií v střevě. Další rody, jako Escherichia a Lactobacillus, tak časté nejsou.
GUARNER, Francisco; MALAGELADA, Juan-R. Gut flora in health and disease. S.512–519. The Lancet [online]. 2003-02 [cit. 2020-11-25]. Roč. 361, čís. 9356, s. 512–519. DOI10.1016/S0140-6736(03)12489-0. PMID12583961. (anglicky)
SENDER, Ron; FUCHS, Shai; MILO, Ron. Are We Really Vastly Outnumbered? Revisiting the Ratio of Bacterial to Host Cells in Humans. Cell. 2016-01-28, roč. 164, čís. 3, s. 337–340. Dostupné online [cit. 2016-02-12]. ISSN1097-4172. DOI10.1016/j.cell.2016.01.013. PMID26824647. (anglicky)
STEPHEN, A. M.; CUMMINGS, J. H. The Microbial Contribution to Human Faecal Mass. Journal of Medical Microbiology. 1980, s. 45–56. DOI10.1099/00222615-13-1-45. PMID7359576.Je zde použita šablona {{Cite journal}} označená jako k „pouze dočasnému použití“.
BEAUGERIE, Laurent; PETIT, Jean-Claude. Microbial-gut interactions in health and disease. Antibiotic-associated diarrhoea. S.337–352. Best Practice & Research Clinical Gastroenterology [online]. 2004-04 [cit. 2020-11-25]. Roč. 18, čís. 2, s. 337–352. DOI10.1016/j.bpg.2003.10.002. PMID15123074. (anglicky)
HUGENHOLTZ, Philip; LOW, Soo Jen. Study: 92% of viruses in gut microbiome were previously unknown to science. sciencex.com [online]. 2021-06-25 [cit. 2022-01-09]. Dostupné online. (anglicky)
ROEDIGER, W. E. Utilization of nutrients by isolated epithelial cells of the rat colon. Gastroenterology. 1982-8, roč. 83, čís. 2, s. 424–429. PMID: 7084619. Dostupné online [cit. 2019-02-13]. ISSN0016-5085. PMID7084619.
VINOLO, Marco A. R.; RODRIGUES, Hosana G.; HATANAKA, Elaine. Suppressive effect of short-chain fatty acids on production of proinflammatory mediators by neutrophils. The Journal of Nutritional Biochemistry. 2011-9, roč. 22, čís. 9, s. 849–855. Dostupné online [cit. 2019-02-13]. ISSN1873-4847. DOI10.1016/j.jnutbio.2010.07.009. PMID21167700. (anglicky)
JOHNSON, Jenny L.; JONES, Mark B.; COBB, Brian A. Polysaccharide A from the capsule of Bacteroides fragilis induces clonal CD4+ T cell expansion. The Journal of Biological Chemistry. 2015-02-20, roč. 290, čís. 8, s. 5007–5014. Dostupné online [cit. 2019-02-13]. ISSN1083-351X. DOI10.1074/jbc.M114.621771. PMID25540199. (anglicky
PMCID: PMC4335237)
PENG, Luying; LI, Zhong-Rong; GREEN, Robert S. Butyrate enhances the intestinal barrier by facilitating tight junction assembly via activation of AMP-activated protein kinase in Caco-2 cell monolayers. The Journal of Nutrition. 2009-9, roč. 139, čís. 9, s. 1619–1625. PMC2728689. Dostupné online [cit. 2019-02-13]. ISSN1541-6100. DOI10.3945/jn.109.104638. PMID19625695. (anglicky)
MACK, D. R.; MICHAIL, S.; WEI, S. Probiotics inhibit enteropathogenic E. coli adherence in vitro by inducing intestinal mucin gene expression. The American Journal of Physiology. 04 1999, roč. 276, čís. 4, s. G941–950. Dostupné online [cit. 2019-02-13]. ISSN0002-9513. DOI10.1152/ajpgi.1999.276.4.G941. PMID10198338. (anglicky)
ASANO, Yasunari; HIRAMOTO, Tetsuya; NISHINO, Ryo. Critical role of gut microbiota in the production of biologically active, free catecholamines in the gut lumen of mice. American Journal of Physiology. Gastrointestinal and Liver Physiology. 2012-12-01, roč. 303, čís. 11, s. G1288–1295. Dostupné online [cit. 2019-02-13]. ISSN1522-1547. DOI10.1152/ajpgi.00341.2012. PMID23064760. (anglicky)
JOHANSSON, Maria A.; SJÖGREN, Ylva M.; PERSSON, Jan-Olov. Early colonization with a group of Lactobacilli decreases the risk for allergy at five years of age despite allergic heredity. PloS One. 2011, roč. 6, čís. 8, s. e23031. PMCID: PMC3148229. Dostupné online [cit. 2019-02-13]. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0023031. PMID21829685. (anglicky)
WALDECKER, Markus; KAUTENBURGER, Tanja; DAUMANN, Heike. Inhibition of histone-deacetylase activity by short-chain fatty acids and some polyphenol metabolites formed in the colon. The Journal of Nutritional Biochemistry. 2008-9, roč. 19, čís. 9, s. 587–593. PMID: 18061431. Dostupné online [cit. 2019-02-13]. ISSN0955-2863. DOI10.1016/j.jnutbio.2007.08.002. PMID18061431. (anglicky)
Study shows role of fathers in seeding microbiota of newborns, confirms benefits of maternal fecal microbiota transfer. medicalxpress.com [online]. [cit. 2024-06-12]. Dostupné online.