Existuje řada mikrobiologických podoborů, které se věnují jednotlivým aspektům velmi široké problematiky. Základními obory jsou bakteriologie, která studuje bakterie (někdy také archea), virologie, která se zabývá studiem virů, a protozoologie, která studuje jednobuněčná eukaryota (protista). Zvláštními aspekty mikrobiologie se zabývají aplikované mikrobiologické vědy, jako je například bakteriální fyziologie, která zkoumá životní pochody bakterií.
Z hlediska praktické využitelnosti poznatků získaných v mikrobiologii lze vědu dělit například na potravinářskou mikrobiologii, která se zabývá mikrobiálními procesy využívanými ve zpracování potravin, nebo lékařskou mikrobiologii, která se zabývá převážně mikroorganismy, které vyvolávají u člověka nějaké onemocnění (tzv. patogeny).
Mikrobiologové nepracují pouze s jedním organismem, ale s mnoha miliony organismů, které získávají pěstováním v přísných laboratorních podmínkách (kultivací). Mikroorganismy jsou pěstovány v živných prostředích, v tzv. živné půdě. Složení půdy je pokaždé jiné, vždy závisí na účelu.[1]
DRNKOVÁ, Barbora. Mikrobiologie, imunologie, epidemiologie a hygiena: pro zdravotnické obory. 1. vyd. Praha: Grada Publishing, 2019. 134 s. Sestra. ISBN 978-80-271-0693-6.
GOERING, Richard V. et al. Mimsova lékařská mikrobiologie. 5. vyd. Praha: Stanislav Juhaňák – Triton, 2016. 568 s. ISBN 978-80-7387-928-0.
HAMPLOVÁ, Lidmila. Mikrobiologie, imunologie, epidemiologie, hygiena pro bakalářské studium a všechny typy zdravotnických škol. 3., aktualiz. vyd. Praha: Stanislav Juhaňák – Triton, 2022. 281 s. ISBN 978-80-7684-122-2.
HANČOVÁ, Hana a VLKOVÁ, Marie. Biologie v kostce I.: pro střední školy. Dotisk 3. vyd. Havlíčkův Brod: Fragment, 2006, s. 30–35. 112 s. ISBN 80-7200-971-0.
KILLER, Jiří. Potravinářská mikrobiologie: pro posluchače FAPPZ. 3. přeprac. vyd. Praha: Česká zemědělská univerzita v Praze, 2019. 131 s. ISBN 978-80-213-2945-4.
KOPECKÁ, Jana a ROTKOVÁ, Gabriela. Skripta ke cvičení z obecné mikrobiologie, cytologie a morfologie bakterií. 1. vyd. Brno: Tribun EU, 2016. 166 s. ISBN 978-80-263-1123-2.
KUBIŠTA, Václav. Obecná biologie: úvodní učební text biologie pro 1. ročník gymnázií. 3. uprav. vyd. Praha: Fortuna, 2004. 90 s. Učebnice=Fortuna. Fortuna=Učebnice. ISBN 80-7168-714-6.
KUZMA, Jozef a CHMELAŘ, Dittmar. Praktická cvičení z lékařské mikrobiologie. 1. vyd. Ostrava: Ostravská univerzita, 2020–2021. 2 svazky. ISBN 978-80-7599-200-0.
MUSILOVÁ, Šárka a SÁGOVÁ-MAREČKOVÁ, Markéta. Mikrobiologie. 1. vyd. Praha: Česká zemědělská univerzita v Praze, 2018–2019. 3 svazky (65 s., 75 s., 66 s.). ISBN 978-80-213-2882-2.
RŮŽEK, Lubomír. Mikrobiologie prostředí. 1. vyd. V Praze: Česká zemědělská univerzita, katedra mikrobiologie, výživy a dietetiky, 2020. 108 s. ISBN 978-80-213-2975-1.
ŘÍHOVÁ AMBROŽOVÁ, Jana; VEJMELKOVÁ, Dana a ČIHÁKOVÁ, Pavlína. Technická mikrobiologie a hydrobiologie. 1. vyd. Praha: Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, 2017. 165 s. ISBN 978-80-7080-986-0.
SMETANA, Jan et al. Epidemiologie, mikrobiologie a imunologie pro zdravotnické záchranáře: učební text pro vysokoškolskou výuku. 1. vyd. [Hradec Králové]: Univerzita obrany, 2018. 119 s. Učební texty Fakulty vojenského zdravotnictví Univerzity obrany v Hradci Králové; sv. 381. ISBN 978-80-7582-150-8.
TREML, František et al. Obecná epizootologie. 1. vyd. Brno: Veterinární a farmaceutická univerzita Brno, 2014. 60 s. ISBN 978-80-7305-701-5.
ŽEMLIČKOVÁ, Helena et al. Praktikum lékařské mikrobiologie. 1. vyd. Praha: Univerzita Karlova, nakladatelství Karolinum, 2019. 52 s. Učební texty Univerzity Karlovy. ISBN 978-80-246-4378-6.
