Stávající hypotézy o původu života a jejich podpůrné analýzy zatím nedokážou spolehlivě určit, které z domén lze jednoznačně považovat za fylogeneticky nepřirozené, v žádné z hypotéz však nevznikly z posledního společného předka všechny tři jejich vývojové linie nezávisle na sobě. Přirozenost je nejvíce zpochybňována u archeí, neboť mnohé analýzy podporují představu, že eukaryota se odvětvují uvnitř nich. Odtud plyne i nízká podpora pro případné vyšší taxony; jako nadějnější se v současnosti jeví hypotéza přirozené skupiny Neomura (sdružující Archea a Eukaryota),[3] naopak jako málo pravděpodobná přirozenost dříve upřednostňovaných prokaryot (Prokaryota, česky též prvojaderní, jakožto skupina sdružující archea a bakterie, tedy organismy bez pravého buněčného jádra).
Přibližně od r. 2010 se mluví (zatím hypoteticky) o čtvrté doméně. Tvoří ji (nebo pozůstatek po ní) skupina jaderně-cytoplazmatických virů svelkou DNA označovaná NCLDV (zanglického nucleocytoplasmic large DNA viruses). Velký genom virů rodu Mimivirus jako typických zástupců skupiny umožnil provést molekulárně biologické srovnání sostatními doménami, poskytující indicie pro fylogenetické vyčlenění této domény.[4][5][6][7] Existence nové domény je zatím přijímána skepticky.[8][9]
Existují i studie naznačující, že dosud neznámých domén (spozůstatky ve formě virů) by mohlo být více.[10]
Někdy se pojem domény používá jako formální kategorie bez fylogenetického obsahu, což umožňuje do čtvrté domény zařazovat např. hypotetické předky eukaryotické buňky („Urkaryotes“), znichž vznikla eukaryotická buňka teprve endosymbiózoumitochondrie.[11]
Taxon „doména“ poprvé zavedli vroce 1990 vědci Carl Woese, Otto Kandler a Mark Wheelis, a to ve své studii Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya.[12]
Slovo doména pochází zlatinského dominium, jež odpovídá významu slov „vlastnictví“, „držení“, ale též „vláda“ a „panství“.[13]
Tři základní domény života některé své rysy sdílejí a některé se naopak liší. Následující tabulky uvádí některé významné rozdíly a podobnosti mezi třemi fundamentálními skupinami života.
Jako nadříše se v současných systémech označuje zpravidla úroveň nižší než doména (ale vyšší než říše). Namísto nadříší se však stále častěji používá fylogenetické vymezení mimo klasické taxonomické kategorie do tzv. superskupin.
Parakaryota, představovaná jediným popsaným druhem Parakaryon myojinensis s unikátní buněčnou strukturou,[2] nelze považovat za samostatnou doménu, ale vzhledem k nedostatku molekulárních dat za buněčný organismus incertae sedis, u kterého mohou budoucí analýzy prokázat příslušnost k jedné ze známých domén
Existují však výjimky: U planktomycet a poribakterií byly nalezeny membránové struktury (kompartmenty), některé připomínají eukaryotické buněčné jádro (u rodu Gemmata má dokonce toto jádro dvojitou membránu a póry).[16][17][18]
Archea skupiny Asgard obsahují primitivní endomembránový systém i primitivní aktinový cytoskelet. Jsou to vedle molekulárních analýz genomu další podpůrné argumenty pro hypotézu, považující prvního eukaryotického předka za chiméru vzniklou tím, že archeální jedinec blízký skupině Lokiarchaeota se spojil s bakteriálním partnerem, ze kterého vznikla mitochondrie. Doména Archaea by tak byla parafyletická.[19]
YAMAGUCHI, Masashi; MORI, Yuko; KOZUKA, Yoshimichi; OKADA, Hitoshi; UEMATSU, Katsuyuki; TAME, Akihiro; FURUKAWA, Hiromitsu. Prokaryote or eukaryote? A unique microorganism from the deep sea. S.423–431. Journal of Electron Microscopy [online]. The Japanese Society of Microscopy in Oxford University Press, 2012-09-28 [cit. 2021-09-30]. Svazek 61, čís. 6, s. 423–431. Dostupné online. ISSN2050-5701. DOI10.1093/jmicro/dfs062. PMID23024290. (anglicky)
RAYMANN, Kasie; BROCHIER-ARMANET, Céline; GRIBALDO, Simonetta. The two-domain tree of life is linked to a new root for the Archaea. S.6670–6675. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 11. květen 2015 [cit. 2021-09-30]. Svazek 112, čís. 21, s. 6670–6675. Dostupné varchivu pořízeném zoriginálu dne2015-05-29. ISSN1091-6490. DOI10.1073/pnas.1420858112. (anglicky)
BOYER, Mickaël; MADOUI, Mohammed-Amine; GIMENEZ, Gregory, Bernard La Scola, Didier Raoult. Phylogenetic and Phyletic Studies of Informational Genes in Genomes Highlight Existence of a 4th Domain of Life Including Giant Viruses. E15530. PLoS One [online]. 2. prosinec 2010 [cit. 2011-05-03]. Svazek 5, čís. 12. Dostupné online. PDF . ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0015530. (anglicky)
COLSON, Philippe; GIMENEZ, Gregory; BOYER, Mickaël, Ghislain Fournous, Didier Raoult. The Giant Cafeteria roenbergensis Virus That Infects a Widespread Marine Phagocytic Protist Is a New Member of the Fourth Domain of Life. E18935. PLoS One [online]. 29. duben 2011 [cit. 2011-05-03]. Svazek 6, čís. 4. Dostupné online. PDF . ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0018935. (anglicky)
NASIR, Arshan; Kyung Mo Kim; CAETANO-ANOLLES, Gustavo. Giant viruses coexisted with the cellular ancestors and represent a distinct supergroup along with superkingdoms Archaea, Bacteria and Eukarya. S.1–34. BMC Evolutionary Biology [online]. 24. srpen 2012 [cit. 2012-08-31]. Svazek 12, čís. 156, s. 1–34. Dostupné online. PDF . ISSN1471-2148. DOI10.1186/1471-2148-12-156. (anglicky)
WILLIAMS, TomA.; EMBLEY, T.Martin; HEINZ, Eva. Informational Gene Phylogenies Do Not Support a Fourth Domain of Life for Nucleocytoplasmic Large DNA Viruses. S.1–11, e21080. PLoS ONE [online]. 16. červen 2011. Svazek 6, čís. 6, s. 1–11. Dostupné online. PDF . ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0021080. (anglicky)
Woese CR, Kandler O, Wheelis ML. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, roč. 87, čís. 12, s. 4576–9. Dostupné online. PMID2112744.
DE ROSA, M, A Gambacorta, A Gliozzi. Structure, biosynthesis, and physicochemical properties of archaebacterial lipids. Microbiological Reviews. 1986-03, roč. 50, čís. 1, s. 70–80. Dostupné online. ISSN0146-0749. PMID3083222.
Belfort M, Reaban ME, Coetzee T, Dalgaard JZ. Prokaryotic introns and inteins: a panoply of form and function. J. Bacteriol. 1995, roč. 177, čís. 14, s. 3897–903. Dostupné online. (anglicky) Archivováno 30. 5. 2020 na Wayback Machine.
Watanabe Y., Yokobori S., Inaba T., et al. Introns in protein-coding genes in Archaea. FEBS Lett. January 2002, roč. 510, čís. 1–2, s. 27–30. PMID11755525.
Leiden University. Not wrapping but folding: Bacteria also organize their DNA, but they do it a bit differently. Phys.Org [online]. 2024-06-13 [cit. 2024-06-17]. Dostupné online. (anglicky)
Kozak,M. Comparison of initiation of protein synthesis in procaryotes, eucaryotes, and organelles. Microbiological Reviews. March 1983, roč. 47, čís. 1, s. 1–45. Dostupné online [PDF]. PMID6343825.