El microscopi òptic utilitza llumfotònica, però també es poden utilitzar electrons o raigs X, de manera que existeixen microscopis de raigs X[3] i microscopis electrònics (de rastreig o de transmissió), que tenen major resolució que el microscopi òptic, però que elaboren la imatge d'una manera indirecta.
La ciència que investiga els objectes petits utilitzant aquest instrument es diu microscòpia.
Tot i que els objectes semblants a les lents es remunten a 4.000 anys enrere, es coneixen descripcions gregues sobre les propietats òptiques de les esferes plenes d’aigua al segle V aC, però l’ús més antic conegut de microscopis simples es remunta a l’ús generalitzat de les lents a les ulleres al seglexiii.[4] Els primers exemples coneguts de microscopis compostos, que combinen una lent objectiva prop de l'espècimen amb un ocular per veure una imatge real, van aparèixer a Europa cap al 1620. L’inventor és desconegut, tot i que s’han fet moltes afirmacions al llarg dels anys al voltant dels centres de fabricació de lents dels Països Baixos, incloses les afirmacions que va ser inventat el 1590 per Zacharias Janssen o el seu fill Hans Martens, o tots dos,[5] o que va ser inventat pel seu veí i rival fabricant d'ulleres, Hans Lippershey, que va sol·licitar la primera patent de telescopi el 1608, i afirma que va ser inventat per l'expatriat Cornelis Drebbel, que es va assenyalar que tenia una versió a Londres el 1619. Galileo Galilei sembla haver trobat després del 1610 que podia enfocar el telescopi per veure objectes petits i, després de veure un microscopi compost construït per Drebbel exposat a Roma el 1624, va construir la seva pròpia versió millorada. Giovanni Faber va encunyar el nom de microscopi per al microscopi compost Galileo presentat a l'Accademia dei Lincei el 1625.[6]
1590: amb posterioritat, alguns autors (Pierre Borel, 1620 - 1671 o 1628 - 1689 i Willem Boreel, 1591 - 1668) reivindiquen que en aquest any els fabricants holandesos de lents, Hans Janssen i el seu fill Zacharias Janssen van inventar un microscopi compost, però aquest fet no ha pogut ser verificat.
1609: Galileo Galilei desenvolupa un occhiolino o microscopi compost d'una lent convexa i una de còncava.[7]
1612: Galileo Galilei presenta l'occhiolino al rei de Polònia, Segimon III.
1625: Galileu presenta el seu occhiolino al príncep Federico Cesi, fundador de l'Acadèmia dels Linxs.
1625: Giovanni Faber de Bamberg (1574 - 1629), membre de l'Acadèmia dels Linxs, encunya la paraula microscopi per analogia amb "telescopi".
1665: Robert Hooke publica Micrographia, una col·lecció de micrografies biològiques. Dona la paraula "cèl·lula" per a les estructures que descobreix en una escorça de suro.
Edwards, Steven A.«The development of the electron microscopi»(en anglès). American Association for the Advancement of Science,2012; Gen 19, pàgs: 4.[Consulta: 6 setembre 2021].
Gajghate, Sameer Sheshrao. Introduction to Microscopy(en anglès). PhD course work of Advanced Instrument Analysis in Chemical Engineering. Mechanical Engineering Department National Institute of Technology, Agartala (Tripura, India),2017 Nov, pàgs: 74. ID16EDMER010. DOI10.13140/RG.2.2.24105.49768[Consulta: 18 agost 2021].