From Wikipedia, the free encyclopedia
ZC3H12B, znan i kao CXorf32 ili MCPIP2, je protein koji je kod ljudi kodiran genom ZC3H12B, lociranom na poziciji Xq12.
| ZC3H12B | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | ZC3H12B | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 300889 MGI: 2442133 HomoloGene: 19395 GeneCards: ZC3H12B | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr X: 65.37 – 65.51 Mb | Chr X: 94.76 – 94.98 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Gen ZC3H12B sadrži 19.709 baznih parova (bp), sa pet egzona. Nalazi se na X-hromosomu na poziciji q12 plus-lanca .
ZC3H12B sadrži domen ribonukleaza, kao i cinkov domen cinkovog prsta CCCH tipa. Ribonukleaze (RNaze) razgrađuju RNK i uključene su u proces sazrijevanja RNK. One su također linija obrane od virusne RNK. Cinkovi prsti tipa CCCH povezani su s destabilizacijom iRNK. Pokazalo se da cinkovi prsti tipa CCCH okreću iRNK, bez uklanjanja PolyA repa. ZC3H12B i njegovi paralozi ZC3H12A, ZC3H12C i ZC3H12D sadrže cink-domene cinkovih prstiju tipa CCCH, koji su povezani s ćelijskim ciklusom i faznim prijelazima u eukariota (InterPro).
Program Genomatix ElDorado predvidio je promotor od 601 bp uzvodno od gena ZC3H12B, sa više mjesta vezanja za faktor transkripcije, uključujući jedarni faktor aktiviranih T-ćelija i protein cinkovog prsta MOK-2, povezan s ribonukleoproteinom (poznat i kao ZNF239.
ZC3H12B sadrži iRNK sa 7.273 bp. Aceview ima samo jedan predviđeni transkript. Nisu predviđeni oblici presavijanja (Mfold). Postoje za introne izrezane pomoću enzima ZC3H12B.ZC3H12B
ZC3H12B je vjerovatna ribonukleaza koja sadrži CCCH-domen cinkova domena i ribonukleazu.
Aminokiselinski, protein 836 ima predviđenu molekulsku težinu od 94,2 kdal. Ne sadrži signalni peptid ili transmembransku regiju. Program PSORTII je predvidio 65,2% vjerovatnoće za jedarnu lokaciju. Cinkovi prsti i ribonukleaze tipa CCCH smješteni su u jezgru za cijepanje RNK, a posebno cijepanje ukosničke RNK.
Sekundarna struktura proteina mješavina je alfa-heliksa i beta-listova. Do sada identificirana dva domena su domeni cinkovih prstiju tipa ribonukleaze i CCCH.
Dolje je prikazana konzervirani domen paraloga ZC3H12B, Mcpip1 (ili ZC3H12A). U poređenju sa BLAST-strukturom, bilo je 82% podudaranja identiteta sa 24% pokrivenosti upita, s predviđenom e-vrijednošću 2e-118.
Fobijev program je predvidio lokaciju necitoplazmatskih proteina. NetPhos 2.0. predvidio 63 mjesta fosforilacije u ZC3H12B, koja su označena na konceptnom prijevodu. YinOYang1.2. predvidio je tri mjesta vezanja za 0-Beta-GlcNAc, koja se natječu sa mjestima za fosforilaciju. 0-Beta-GlcNAc je vjerovatno jedini tip glikozilacije koji se javlja u ćelijskom jedrui i/ili citoplazmi . Primjetna je veza između aktivacije antigena u limfocitima i dinamičke 0-B-glikozilacije u jedarnim proteinima. NetNGlyc je predvidio mjesta glikozilacije; međutim, ta mjesta su isključena, jer je protein vjerojatno jedarni i ne bi prošao ovaj oblik glikozilacije. Nije bilo predviđenih mjesta acetilacije na N-kraju proteina. To je neobično, jer se približno 85% ljudskih proteina acetilira na N kraju za sintezu, stabilizaciju i lokalizaciju proteina. Nema pozitivnih, negativnih ili mješovitih nakupina naboja. Nisu otkriveni hidrofobni segmenti (SAPS SDSC Biology Workbench). Program MitoProtII nije otkrio nikakve signale za iznošenje mitohondrija. Ovi post-translacijski testovi sugeriraju da se protein nalazi u jedru i podvrgava se dinamičkoj fosforilaciji i 0-Beta-GlcNAc modifikacijama.
Odabrani domeni ZC3H12B konzervirani su u većini kičmenjaka, člankonožaca i člankovitih glista. Ne postoje konzervirani domeni u domenima bakterija ili arheja. Nije bilo značajnih konzerviranih domena kod kvasca, biljaka ili protista.
Postoje tri paraloga ZC3H12B, koji se nalaze u istoj porodici cinkovih prstiju tipa CCCH, a svi oni održavaju više od 50% identiteta ZC3H12B, na osnovu BLAST analize (NCBI)
| Ime | VrstA | Pristupni broj za NCBI | Dužina (AA) | Proteinsi identitet |
|---|---|---|---|---|
| ZC3H12B | Homo sapiens | NM_001010888.3 | 836aa | 100% |
| ZC3H12A | Homo sapiens | NM_025079.2 | 599aa | 68% |
| ZC3H12C | Homo sapiens | NM_033390.1 | 883aa | 53% |
| ZC3H12D | Homo sapiens | NM_207360.2 | 527aa | 61% |
ZC3H12B je konzerviran kod sisara, ptica, insekata i nematoda (BLAST). U tabeli ispod je sažetak ortologa ZC3H12B kod ljudi.
| Vrsta | Uobičajeno ime | Divergencija (prije miliona godina) | Pristupni broj za NCBI (protein) | Dućina (aminokiselina) | Proteinski identiget | Sličnost | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Čovjek | n/a | NP_001010888.3 | 836aa | 100% | 100% | |
| Pan paniscus | Čimpanza | 6.3 | XP_003816967.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| Pongo abelii | Orangutan | 15.7 | XP_002831786.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| Macaca mulatta | Rezus majmun | 29 | XP_002806307.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| Callithrix jacchus | Marmozet | 42.6 | XP_002762992.2 | 836aa | 98% | 98% | |
| Mus musculus | Miš | 92.3 | NP_001030079.2 | 835aa | 91% | 94% | |
| Sus scrofa | Svinja | 94.2 | XP_003360389.1 | 836aa | 93% | 96% | |
| Gallus gallus | Kokoš | 296 | XP_003641177.1 | 837aa | 77% | 85% | |
| Chrysemys picta bellii | Pjegava kornjača | 296 | XP_005279572.1 | 838aa | 78% | 86% | |
| Oryzias latipes | Medaka | 400.1 | XP_004076599.1 | 845aa | 67% | 77% | |
| Gadus morhua | Atlantski bakalar | 400.1 | AFK76491.1 | 842aa | 29% | 44% | |
| Danio rerio | Zebrica | 400.1 | XP_001342172.3 | 982aa | 68% | 77% | |
| Petromyzon marinus | Lampetra | 535.7 | ABO21295.1 | 222aa | 44% | 58% | |
| Branchiostoma floridae | Kopljača | 713.2 | XP_002598834.1 | 492aa | 66% | 79% | |
| Ciona intestinalis | Peharasta tunikata | 722.5 | XP_002125834.1 | 863aa | 54% | 66% | |
| Strongylocentrotus purpuratus | Purpurni morski jež | 742.9 | XP_787030.3 | 974aa | 58% | 72% | |
| Aplysiomorpha californica | Morski zec | 782.7 | XP_005113312.1 | 1269aa | 51% | 69% | |
| Drosophila grimshawi | Hawaiiska voćna mušica | 782.7 | XP_001994140.1 | 548aa | 51% | 69% | |
| Anopheles gambiae | Komarac | 782.7 | XP_321880 | 637aa | 59% | 75% | |
| Apis mellifera | Medonosna pčela[ | 782.7 | XP_397264 | 652aa | 58% | 73% | |
| Caenorhabditis elegans | Obla glista (nematoda) | 937.5 | NP_491985.4 | 634aa | 46% | 64% |
Mikrfomreža u normalnom profiliranju ekspresije tkiva pokazuje povećanu ekspresiju gena u pankreasu, prostati, mozgu, kičmenoj moždini i timusu (GEO). Za razliku od paraloga, on nije izražen u tkivima aktiviranim makrofazima, što ukazuje na paralognu vezu sa upalnim odgovorom. ZC3H12B se privremeno eksprimira u tkivima mozga, timusa i testisa (EST).
Predviđene interakcije po Ingenuity Systems-u nisu pokazale molekule koji ciljaju lijek u putu i niti jednu poznatu metu lijeka. Navedene glavne funkcije i bolesti bili su rak, ozljede organizma i abnormalnosti, bolest reproduktivnog sistema. Predviđeno je nekoliko interakcija miRNK. Predviđene ciljeve miRNK tek treba uskladiti sa sekvencom ZC3H12B, a nejasno je postoji li interakcija između njih. Testovi poput Forsterovog rezonantnog prijenosa energije (FRET), ko-imunooprecipitacije, dvo-hibridne selekcije, hidropatske komplementarnosti, klaster-mikro-sekvence i ChiP-a mogli bi se koristiti u budućnosti za ispitivanje novih interakcija proteina/hromatina sa ZC3H12B.
Delecije lokusa Xq12 rezultirale su u nekoliko poremećaja kao što su neosjetljivost na androgen, osjetljivost na rak prostate, kičmena i bulbusna mišićna atrofija i Kennedyjevu mentalnu retardaciju; međutim, nije pronađena veza između ovih bolesti i ZC3H12B (NCBI).
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.
