KEGG

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) je zbirka baza podataka koja se bavi genomima, biološkim putevima, bolestima, lijekovima i hemijskim supstancama. KEGG se koristi za bioinformatička istraživanja i obrazovanje, uključujući i analizu podataka u genetici, metagenomici, metabolomici i drugih omika studijama, modeliranju i simulacijama u sistemskoj biologiji, i translacionim istraživanjima u razvoju lijekova.

Projekat KEGG baze podataka pokrenuo je 1995. godine Minoru Kanehisa, profesor na Institutu za hemijska istraživanja Univerziteta Kjoto, u okviru tadašnjeg Japanskog programa za ljudski genom.^[1][2] Predviđajući potrebu za kompjuterizovanim resursom koji se može koristiti za biološku interpretaciju podataka o sekvenci genoma, započeo je razvoj baze podataka KEGG PATHWAY. To je zbirka ručno nacrtanih KEGG karata putanja koje predstavljaju eksperimentalno znanje o metabolizmu i raznim drugim funkcijama ćelije i organizma. Svaka mapa puta sadrži mrežu molekularnih interakcija i reakcija i dizajnirana je da poveže gene u genomu sa genskim proizvodima (uglavnom proteinima) na putu. Ovo je omogućilo analizu nazvanu KEGG mapiranje puteva, pri čemu se sadržaj gena u genomu upoređuje sa bazom podataka KEGG PATHWAY kako bi se ispitalo koji putevi i povezane funkcije će vjerovatno biti kodirani u genomu.

Prema programerima, KEGG je "kompjuterska reprezentacija" biološkog sistema.^[3] On integriše građevne blokove i dijagrame ožičenja sistema – preciznije, genetske građevne blokove gena i proteina, hemijske građevne blokove malih molekula i reakcija, i dijagrame ožičenja molekularnih interakcija i reakcionih mreža. Ovaj koncept je realizovan u sledećim bazama podataka KEGG, koje su kategorisane u sistemske, genomske, hemijske i zdravstvene informacije.^[4]

Reference

1. "KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes". Nucleic Acids Res. 28 (1): 27–30. 2000. doi:10.1093/nar/28.1.27. PMC 102409. PMID 10592173.
2. Kanehisa M (1997). "A database for post-genome analysis". Trends Genet. 13 (9): 375–6. doi:10.1016/S0168-9525(97)01223-7. PMID 9287494.
3. "From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D354–7. 2006. doi:10.1093/nar/gkj102. PMC 1347464. PMID 16381885.
4. "Data, information, knowledge and principle: back to metabolism in KEGG". Nucleic Acids Res. 42 (Database issue): D199–205. 2014. doi:10.1093/nar/gkt1076. PMC 3965122. PMID 24214961.