Slobodne masne kiseline ne mogu prodrijeti ni u jednu biološku membranu zbog svog negativnog naboja. Slobodne masne kiseline moraju proći ćelijsku membranu preko specifičnih transportnih proteina, kao što je SLC27 porodice transportnih proteina masnih kiselina.[2][3] U citosolu, sljedeći procesi dovode masne kiseline u mitohondrijski matriks, tako da može doći do beta-oksidacije.
Dugolančana masnokiselinska-CoA ligaza katalizira reakciju između masne kiseline sa ATP, da bi se dobio masni acil-adenilat, plus anorganski pirofosfat, koji zatim reagira sa slobodnim koenzimom A da se dobije masni acil-CoA ester i AMP.
Ako masni acil-CoA ima dugačak lanac, tada se mora koristiti karnitinski šatl:
Acil-CoA prenosi se na hidroksilnu grupu karnitina, pomoću karnizin palmoiltransferaze I, enzima, koji se nalazi na citosolnim stranama vanjskoj i unutrašnjoj mitohondrijdkoj membrani.
Acil-karnitin se ponovo pretvara u acil-CoA pomoću karnitin palmitoiltransferaze II, koja se nalazi na unutrašnjoj strani unutrašnje mitohondrijalne membrane. Oslobođeni karnitin se vraća u citosol, kao što se acil-karnitin prenosi u matriks.
Ako masni acil-CoA sadrži kratak lanac, ove kratkolančane masne kiseline mogu jednostavno difundirati kroz unutrašnju mitohondrijsku membranu.[4]
Charney AN, Micic L, Egnor RW (mart 1998). "Nonionic diffusion of short-chain fatty acids across rat colon". The American Journal of Physiology. 274 (3 Pt 1): G518–24. doi:10.1152/ajpgi.1998.274.3.G518. PMID9530153.