P-tijelo

Razlikovati: P-element.

U citologiji, P-tijela ili preradna tijela, razlikuju se od fokusa koji su formirani faznom separacijom u citoplazmi eukariotskih ćelija koje sadrže mnoge enzime uključene u promet iRNK.^[1] P-tijela su visoko konzervirane strukture i primijećena su u somatskim ćelijama kičmenjaka i beskičmenjaka, biljaka i kvasca. Do danas je dokazano da P-tijela imaju fundamentalne uloge u cjelini raspada iRNK, nonsensno posredovano raspadanje iRNK, adenilat-uridilatom bogati element je posredovao raspad iRNK, a mikroRNK (miRNK) inducira utišavanje iRNK.^[2] Nisu sve iRNK koje ulaze u P-tijela degradirane, jer je pokazano da neke iRNK mogu izaći iz P-tijela i ponovo pokrenuti translaciju.^[3][4] Prečišćavanje i sekvenciranje iRNK iz prečišćenih tijela za preradu pokazalo je da su ove iRNK u velikoj mjeri translativno potisnute uzvodno od translacijske inicijacije i da su zaštićene od raspada 5' iRNK.^[5]

P-tijela uključena su u dekapiranje i degradaciju neželjenih iRNK,^[6] storing mRNA until needed for translation,^[5] i pomaganje u translacijskoj represiji miRNK (povezano sa siRNK).

U neuronima, P-tijela pokreću motorni protein kao odgovor na stimulaciju. Ovo je vjerovatno vezano za lokalnu translaciju u dendritima.^[7]

Genski ID	Protein	Reference	Prisustvo u stresnim granulama (?)
MOV10	MOV10	[5][8]	Da
EDC3	EDC3	[8]	Da
EDC4	EDC4	[5]	Da
ZCCHC11	TUT4	[5]	Ne
DHX9	DHX9	[5]	Ne
RPS27A	RS27A	[5]	Ne
UPF1	RENT1	[5]	Da
ZCCHC3	ZCHC3	[5]	Ne
SMARCA5	SMCA5	[5]	Ne
TOP2A	TOP2A	[5]	Ne
HSPA2	HSP72	[5]	Ne
SPTAN1	SPTN1	[5]	Ne
SMC1A	SMC1A	[5]	Ne
ACTBL2	ACTBL	[5]	Da
SPTBN1	SPTB2	[5]	Ne
DHX15	DHX15	[5]	Ne
ARG1	ARGI1	[5]	Ne
TOP2B	TOP2B	[5]	Ne
APOBEC3F	ABC3F	[5]	Ne
NOP58	NOP58	[5]	Da
RPF2	RPF2	[5]	Ne
S100A9	S10A9	[5]	Da
DDX41	DDX41	[5]	Ne
KIF23	KIF23	[5]	Da
AZGP1	ZA2G	[5]	Ne
DDX50	DDX50	[5]	Da
SERPINB3	SPB3	[5]	Ne
SBSN	SBSN	[5]	Ne
BAZ1B	BAZ1B	[5]	Ne
MYO1C	MYO1C	[5]	Ne
EIF4A3	IF4A3	[5]	Ne
SERPINB12	SPB12	[5]	Ne
EFTUD2	U5S1	[5]	Ne
RBM15B	RB15B	[5]	Ne
AGO2	AGO2	[5]	Da
MYH10	MYH10	[5]	Ne
DDX10	DDX10	[5]	Ne
FABP5	FABP5	[5]	Ne
SLC25A5	ADT2	[5]	Ne
DMKN	DMKN	[5]	Ne
DCP2	DCP2	[5][9][10]	Ne
S100A8	S10A8	[5]	Ne
NCBP1	NCBP1	[5]	Ne
YTHDC2	YTDC2	[5]	Ne
NOL6	NOL6	[5]	Ne
XAB2	SYF1	[5]	Ne
PUF60	PUF60	[5]	Ne
RBM19	RBM19	[5]	Ne
WDR33	WDR33	[5]	Ne
PNRC1	PNRC1	[5]	Ne
SLC25A6	ADT3	[5]	Ne
MCM7	MCM7	[5]	Da
GSDMA	GSDMA	[5]	Ne
HSPB1	HSPB1	[5]	Da
LYZ	LYSC	[5]	Ne
DHX30	DHX30	[5]	Da
BRIX1	BRX1	[5]	Ne
MEX3A	MEX3A	[5]	Da
MSI1	MSI1H	[5]	Da
RBM25	RBM25	[5]	Ne
UTP11L	UTP11	[5]	Ne
UTP15	UTP15	[5]	Ne
SMG7	SMG7	[5][8]	Da
AGO1	AGO1	[5]	Da
LGALS7	LEG7	[5]	Ne
MYO1D	MYO1D	[5]	Ne
XRCC5	XRCC5	[5]	Ne
DDX6	DDX6/p54/RCK	[5][8][11][12]	Da
ZC3HAV1	ZCCHV	[5]	Da
DDX27	DDX27	[5]	Ne
NUMA1	NUMA1	[5]	Ne
DSG1	DSG1	[5]	Ne
NOP56	NOP56	[5]	Ne
LSM14B	LS14B	[5]	Da
EIF4E2	EIF4E2	[8]	Da
EIF4ENIF1	4ET	[5][8]	Da
LSM14A	LS14A	[5][8]	Da
IGF2BP2	IF2B2	[5]	Da
DDX21	DDX21	[5]	Da
DSC1	DSC1	[5]	Ne
NKRF	NKRF	[5]	Ne
DCP1B	DCP1B	[5][12]	Ne
SMC3	SMC3	[5]	Ne
RPS3	RS3	[5]	Da
PUM1	PUM1	[5]	Da
PIP	PIP	[5]	Ne
RPL26	RL26	[5]	Ne
GTPBP4	NOG1	[5]	Ne
PES1	PESC	[5]	Ne
DCP1A	DCP1A	[5][9][10][13]	Ne
ELAVL2	ELAV2	[5]	Da
IGLC2	LAC2	[5]	Ne
IGF2BP1	IF2B1	[5]	Da
RPS16	RS16	[5]	Ne
HNRNPU	HNRPU	[5]	Ne
IGF2BP3	IF2B3	[5]	Da
SF3B1	SF3B1	[5]	Ne
STAU2	STAU2	[5]	Da
ZFR	ZFR	[5]	Ne
HNRNPM	HNRPM	[5]	Ne
ELAVL1	ELAV1	[5]	Da
FAM120A	F120A	[5]	Da
STRBP	STRBP	[5]	Ne
RBM15	RBM15	[5]	Ne
LMNB2	LMNB2	[5]	Ne
NIFK	MK67I	[5]	Ne
TF	TRFE	[5]	Ne
HNRNPR	HNRPR	[5]	Ne
LMNB1	LMNB1	[5]	Ne
ILF2	ILF2	[5]	Ne
H2AFY	H2AY	[5]	Ne
RBM28	RBM28	[5]	Ne
MATR3	MATR3	[5]	Ne
SYNCRIP	HNRPQ	[5]	Da
HNRNPCL1	HNRCL	[5]	Ne
APOA1	APOA1	[5]	Ne
XRCC6	XRCC6	[5]	Ne
RPS4X	RS4X	[5]	Ne
DDX18	DDX18	[5]	Ne
ILF3	ILF3	[5]	Da
SAFB2	SAFB2	[5]	Da
RBMX	RBMX	[5]	Ne
ATAD3A	ATD3A	[5]	Da
HNRNPC	HNRPC	[5]	Ne
RBMXL1	RMXL1	[5]	Ne
IMMT	IMMT	[5]	Ne
ALB	ALBU	[5]	Ne
CSNK1D	CK1𝛿	[11]	Ne
XRN1	XRN1	[8][9][10]	Da
TNRC6A	GW182	[8][10][13][14][15]	Da
TNRC6B	TNRC6B	[8]	Da
TNRC6C	TNRC6C	[8]	Da
LSM4	LSM4	[9][13]	Ne
LSM1	LSM1	[9]	Ne
LSM2	LSM2	[9]	Ne
LSM3	LSM3	[9][12]	Da
LSM5	LSM5	[9]	Ne
LSM6	LSM6	[9]	Ne
LSM7	LSM7	[9]	Ne
CNOT1	CCR4/CNOT1	[8][12]	Da
CNOT10	CNOT10	[8]	Da
CNOT11	CNOT11	[8]	Da
CNOT2	CNOT2	[8]	Da
CNOT3	CNOT3	[8]	Da
CNOT4	CNOT4	[8]	Da
CNOT6	CNOT6	[8]	Da
CNOT6L	CNOT6L	[8]	Da
CNOT7	CNOT7	[8]	Da
CNOT8	CNOT8	[8]	Da
CNOT9	CNOT9	[8]	Ne
RBFOX1	RBFOX1	[16]	Da
ANKHD1	ANKHD1	[8]	Da
ANKRD17	ANKRD17	[8]	Da
BTG3	BTG3	[8]	Da
CEP192	CEP192	[8]	Ne
CPEB4	CPEB4	[8]	Da
CPVL	CPVL	[8]	Da
DIS3L	DIS3L	[8]	Ne
DVL3	DVL3	[8]	Ne
FAM193A	FAM193A	[8]	Ne
GIGYF2	GIGYF2	[8]	Da
HELZ	HELZ	[8]	Da
KIAA0232	KIAA0232	[8]	Da
KIAA0355	KIAA0355	[8]	Ne
MARF1	MARF1	[8]	Da
N4BP2	N4BP2	[8]	Ne
PATL1	PATL1	[8]	Da
RNF219	RNF219	[8]	Da
ST7	ST7	[8]	Da
TMEM131	TMEM131	[8]	Da
TNKS1BP1	TNKS1BP1	[8]	Da
TTC17	TTC17	[8]	Da

Reference

1. Luo Y, Na Z, Slavoff SA (maj 2018). "P-Bodies: Composition, Properties, and Functions". Biochemistry. 57 (17): 2424–2431. doi:10.1021/acs.biochem.7b01162. PMC 6296482. PMID 29381060.
2. Kulkarni M, Ozgur S, Stoecklin G (februar 2010). "On track with P-bodies". Biochemical Society Transactions. 38 (Pt 1): 242–251. doi:10.1042/BST0380242. PMID 20074068.
3. Brengues M, Teixeira D, Parker R (oktobar 2005). "Movement of eukaryotic mRNAs between polysomes and cytoplasmic processing bodies". Science. 310 (5747): 486–489. Bibcode:2005Sci...310..486B. doi:10.1126/science.1115791. PMC 1863069. PMID 16141371.
4. Bhattacharyya SN, Habermacher R, Martine U, Closs EI, Filipowicz W (juni 2006). "Relief of microRNA-mediated translational repression in human cells subjected to stress". Cell. 125 (6): 1111–1124. doi:10.1016/j.cell.2006.04.031. PMID 16777601. S2CID 18353167.
5. Hubstenberger A, Courel M, Bénard M, Souquere S, Ernoult-Lange M, Chouaib R, et al. (oktobar 2017). "P-Body Purification Reveals the Condensation of Repressed mRNA Regulons". Molecular Cell. 68 (1): 144–157.e5. doi:10.1016/j.molcel.2017.09.003. PMID 28965817.
6. Sheth U, Parker R (maj 2003). "Decapping and decay of messenger RNA occur in cytoplasmic processing bodies". Science. 300 (5620): 805–808. Bibcode:2003Sci...300..805S. doi:10.1126/science.1082320. PMC 1876714. PMID 12730603.
7. Cougot N, Bhattacharyya SN, Tapia-Arancibia L, Bordonné R, Filipowicz W, Bertrand E, Rage F (decembar 2008). "Dendrites of mammalian neurons contain specialized P-body-like structures that respond to neuronal activation". The Journal of Neuroscience. 28 (51): 13793–13804. doi:10.1523/JNEUROSCI.4155-08.2008. PMC 6671906. PMID 19091970.
8. Youn JY, Dunham WH, Hong SJ, Knight JD, Bashkurov M, Chen GI, et al. (februar 2018). "High-Density Proximity Mapping Reveals the Subcellular Organization of mRNA-Associated Granules and Bodies". Molecular Cell. 69 (3): 517–532.e11. doi:10.1016/j.molcel.2017.12.020. PMID 29395067.
9. Ingelfinger D, Arndt-Jovin DJ, Lührmann R, Achsel T (decembar 2002). "The human LSm1-7 proteins colocalize with the mRNA-degrading enzymes Dcp1/2 and Xrnl in distinct cytoplasmic foci". RNA. 8 (12): 1489–1501. doi:10.1017/S1355838202021726. PMC 1370355. PMID 12515382.
10. Kedersha N, Stoecklin G, Ayodele M, Yacono P, Lykke-Andersen J, Fritzler MJ, et al. (juni 2005). "Stress granules and processing bodies are dynamically linked sites of mRNP remodeling". The Journal of Cell Biology. 169 (6): 871–884. doi:10.1083/jcb.200502088. PMC 2171635. PMID 15967811.
11. Zhang B, Shi Q, Varia SN, Xing S, Klett BM, Cook LA, Herman PK (juli 2016). "The Activity-Dependent Regulation of Protein Kinase Stability by the Localization to P-Bodies". Genetics. 203 (3): 1191–1202. doi:10.1534/genetics.116.187419. PMC 4937477. PMID 27182950.
12. Cougot N, Babajko S, Séraphin B (april 2004). "Cytoplasmic foci are sites of mRNA decay in human cells". The Journal of Cell Biology. 165 (1): 31–40. doi:10.1083/jcb.200309008. PMC 2172085. PMID 15067023.
13. Eystathioy T, Jakymiw A, Chan EK, Séraphin B, Cougot N, Fritzler MJ (oktobar 2003). "The GW182 protein colocalizes with mRNA degradation associated proteins hDcp1 and hLSm4 in cytoplasmic GW bodies". RNA. 9 (10): 1171–1173. doi:10.1261/rna.5810203. PMC 1370480. PMID 13130130.
14. Eystathioy T, Chan EK, Tenenbaum SA, Keene JD, Griffith K, Fritzler MJ (april 2002). "A phosphorylated cytoplasmic autoantigen, GW182, associates with a unique population of human mRNAs within novel cytoplasmic speckles". Molecular Biology of the Cell. 13 (4): 1338–1351. doi:10.1091/mbc.01-11-0544. PMC 102273. PMID 11950943.
15. Yang Z, Jakymiw A, Wood MR, Eystathioy T, Rubin RL, Fritzler MJ, Chan EK (novembar 2004). "GW182 is critical for the stability of GW bodies expressed during the cell cycle and cell proliferation". Journal of Cell Science. 117 (Pt 23): 5567–5578. doi:10.1242/jcs.01477. PMID 15494374.
16. Kucherenko MM, Shcherbata HR (januar 2018). "Stress-dependent miR-980 regulation of Rbfox1/A2bp1 promotes ribonucleoprotein granule formation and cell survival". Nature Communications. 9 (1): 312. Bibcode:2018NatCo...9..312K. doi:10.1038/s41467-017-02757-w. PMC 5778076. PMID 29358748.

Dopunska literatura

• Kulkarni M, Ozgur S, Stoecklin G (februar 2010). "On track with P-bodies". Biochemical Society Transactions. 38 (Pt 1): 242–251. doi:10.1042/BST0380242. PMID 20074068.
• Eulalio A, Behm-Ansmant I, Izaurralde E (januar 2007). "P bodies: at the crossroads of post-transcriptional pathways". Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 8 (1): 9–22. doi:10.1038/nrm2080. PMID 17183357. S2CID 41419388.
• Marx J (novembar 2005). "Molecular biology. P-bodies mark the spot for controlling protein production". Science. 310 (5749): 764–765. doi:10.1126/science.310.5749.764. PMID 16272094. S2CID 11106208.
• Anderson P, Kedersha N (juni 2009). "RNA granules: post-transcriptional and epigenetic modulators of gene expression". Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 10 (6): 430–436. doi:10.1038/nrm2694. PMID 19461665. S2CID 26578027.

Vanjski linkovi