From Wikipedia, the free encyclopedia
Jakoba je rod u taksonu Excavata[1] i ima samo jednu opisanu vrstu, Jakoba libera. (Ranije opisana Jakoba incarcerata preimenovano je u Andalucia incarcerata, a Jakoba bahamensis/Jakoba bahamiensis nije formalno opisana).[2]
Jakoba (Rod u taksonu Excavata) | |
---|---|
![]() Četiri jakobidne vrste, sa utorima i bičevima: Jakoba libera (ventralo), Stygiella incarcerata (ventralno), Reclinomonas americana (dorzalno) i Histiona aroides (vanjski izgled) | |
Sistematika | |
Domena | Eukarioti |
Razred | Jakobea |
Red | Jakobida |
Porodica | Jakobidae Patterson 1990 |
Rod | Jakoba Patterson 1990 |
Vrste | |
| |
Sinonimi | |
|
Jakoba je mala bakterivorna morska zooflagellata (jakobid),[3] nađena i u hipersalinskom okruženju.[2]. One su slobodne plivajuće trofičke ćelije s dva biča i dužine između pet i deset mikrometara. Okreću se duž svoje uzdužne osi kako bi omogućile plivanje u pravim linijama [3] osim ako se zbog kompresije u krhotinama ne dogodi deformacija i „škljocanje“. Za vrijeme hranjenja, bakterije se izlaze iz vodenog stuba strujom koju stvara zadnji bič. Ova struja uzrokuje da se bakterije sakupe u brazdi [4] on the right ventral side of the cell [3] – pomažući u gutanju i stvaranju hranjive vakuole.[4]
Ćelijske komponente kod Jakoba nisu naročito jedinstvene. Sadrže jedno jedro koje se nalazi u blizini baze biča, jedno Golgijevo tijelo, a mitohondrijske organele su spljoštene.
Međutim, mitohondrije kod Jakoba posebno su evolucijski zanimljive zbog jedinstvene bakteriolikosti – poput mitohondrijskog genoma. Utvrđeno je da njihovi mitohondrijski genomi sadrže znatno više funkcionalnih gena drugih eukariotskih grupa i čini se da su zadržali eubakterijsku predačku RNK polimerazu, koja je zamijenjena polimerazom virusa tipa u svim ostalim mitohondrijskim eukariotima. Sve u svemu, jakobidni mitohondrijski genomi su primitivno složeni po tome što više nalikuju svojim proteobakterijskim precima nego što je to kod bilo kojih drugih mitohondrija.[5]
Jakobe karakterizira aseksualna reprodukcija putem binarne fisije. Nije primijećena spolna reprodukcija ili stvaranje cista.[3]
Kružni mitohondrijski genom Jakoba libera ATCC 50422 veličine je 96.6 kbp. Sekvenciranje je gotovo završeno. Dosad je identificirano 77 gena, od kojih nijedan nije uključivao intron. Intergenične regije čine ~ 30% genoma i sadrže nakupine tandemskih ponavljanja čija je jedinična dužina ~ 20 bp. Transkribirani geni nalaze se na oba lanca nukleotida u DNK. Za translaciju koristi se standardni genetički kod.
Enkodirani geni uključuju one koji se obično nalaze u mtDNK, uključujući gene koji kodiraju proteine iznad 1,2,2,4,4L, 5,6, cob, cox1,2,3 i atp 6,8,9. kao velike podjedinice (rnl) i male podjedinice (rns) rRNK geni i >22 gema za tRNK. Prisutni su i brojni proteinski geni tipski za protist, ali ne i životinjske ili gljivične mtDNK. Oni uključuju nad7,9,11, atp1, rpl2,5,6,14,16 i rps2-4,11-14,19. Mnogo jedinstvenih ORF-ova je također kodirano s mtDNK u J. libera.
Nekolikomitohondrijskih gena J. libera su rijetki ili ih nema u drugim mitohondrijskim genima, ali su prisutni u bakterijama. Među tim rijetkim ili jedinstvenim kodirajućim mtDNK genima su dpo, rpoB, C, rrn5, rnpB, tufA, yejU-W i nekoliko gena ribosomskog proteina.
Poređenje sekvenci gena u mtDNK J. libera pokazuje klastere koji se inače ne nalaze u bakterijama, ali koji su se očito pojavili tokom evolucije mitohondrijskog genoma, nakon divergencije protomitohondrija iz bakterijske loze. Primjeri su klasteri dpo, rpoB,C, rrn5, rnpB, tufA, yejU-W.[6]
Danas su dostupne tri kultivirane linije „Jakoba libera“. Ne mogu se uzgajati posebno, već se lahko uzgajaju u minimalnom mediju s dodatkom bakterija (Klebsiella aerogene )[3]
Jakobids (Jakobida ili Jakobea)
Malawimonas: 1 opisana vrsta.
Retortamonade:
Carpediemonas-liki organizmi: