From Wikipedia, the free encyclopedia
Proreini DEAD-kutija uključeni su u niz metaboličkih procesa koji obično uključuju RNK, ali u nekim slučajevima i druge nukleinske kiseline.[2] Vrlo su konzervirani u devet motivnih sekvenci i mogu se naći u većini prokariota i eukariota, ali ne u svim. Mnogi organizmi, uključujući ljude, sadrže helikaze DEAD-kutije (SF2) koje su uključene u metabolizam RNK.[3]
DEAD/DEAH-kutijska helikaza | |
---|---|
Identifikatori | |
Simbol | DEAD |
Proteini iz ove kutije prvi put su skrenuli pažnju kasnih 1980-ih u studiji koja je proučavala grupu NTP- mjesto vezanja koja je po sekvenci slična eIF4A RNK-helikaznoj sekvenci.[4] Rezultati ove studije pokazali su da ovi proteini (p68, SrmB, MSS116, vasa, PL10, eIF4A sisara, eIF4A kvasaca) uključeni u metabolizam RNK imaju nekoliko zajedničkih elemenata.[5] Utvrđeno je da je među proučavanim vrstama konzervirano devet uobičajenih sekvenci, što je važan kriterij porodice DEAD-kutija.[5] Devet konzerviranih motiva su: Q-motiv, motiv 1, motiv 1a, motiv 1b, motiv II, motiv III, motiv IV, motiv V i motiv VI, kako je prikazano na slici. Motiv II je također poznat i kao Walkerov B-motiv i sadrži aminokiselinsku sekvencu D-E-A-D (asp-glu-ala-asp), koja je ovoj porodici proteina dala ime“DEAD-kutije”.[5] Motiv 1, motiv II, Q motiv i motiv VI potrebni su za vezivanje i hidrolizu ATP-a, dok motivi, 1a, 1b, III, IV i V mogu biti uključeni u intramolekulska preuređenja i interakciju RNK.[6]
Porodice DEATH i [[[SKI-protein|SKI]]) su imale proteine za koje je identificirano da su povezani sa porodicom DEAD-kutija.[7][8][9] These two relatives have a few particularly unique motifs that are conserved within their own family. Porodice DEAD-kutija, DEAH i SKI nazivaju se DExD/H proteini.[10] Svi se međusobno prilično razlikuju i ne postoji jedan protein koji pripada više od jedne od ovih porodica. Smatra se da svaka porodica ima posebnu ulogu u metabolizmu RNK, naprimjer proteini DEAD- i DEAH-kutija stimuliraju aktivnosti NTPaza, ali proteini DEAD-kutija koriste ATP, a ne DEAH.[6]
Proteini DWAD-kutije smatraju se RNK-helikazama, a mnogi su potrebni za ćelijske procese, kao što je metabolizam RNK, uključujući jedarnu transkripciju, preradu spajanje pre iRNK, biogenezu ribosoma, transport nukleoplazme, translaciju, oštećena RNK i ekspresiju organelnih gena.[10][11][12]