鸡鸣寺站是南京地铁3号线和南京地铁4号线的换乘车站。鸡鸣寺站为地下四层车站，地下一层为站厅层，地下二层为4号线站台，地下三层为3号线站台，两座站台呈L型交叉，采用上下楼的换乘方式。3号线站台大致呈南北走向，位于太平西路下方，于2015年4月1日启用。4号线站台呈东西走向，主要位于太平西路西侧的和平公园内，于2017年1月18日启用。