上菅谷站 是位於日本茨城縣那珂市菅谷，屬於東日本旅客鐵道（JR東日本）水郡線的鐵路車站。本站是那珂市的代表站，水郡線本線與常陸太田支線（常陸太田站方向）在此站分岔。