Stomochord

溯至寒武紀早期或晚期，且包括一類已在石炭纪時滅絕的重要化石——筆石。半索動物似乎有著脊索的原始型態，由前腸的憩室內長出，被稱之為口索（英语：Stomochord），但這可能只是趨同演化的結果。在一些物種中（至少在發育初期）會有一條細長的神經管，這可能是半索動物和脊索動物及其他後口動物的共同祖先所具有的原始特徵。