有孔虫Apusozoa(英语:Apusozoa)及centrohelid的名稱。 有孔蟲界為雙鞭毛生物分支的一部分,亦包含泛植物(Archaeplastida)、囊泡藻(Chromalveolata)、古虫界(Excavata)與及其他較小、未分類的組別例如无根虫门(英语:Apusozoa
雙鞭毛生物關類型)和變形蟲的祖先,而雙鞭毛生物則為泛植物(植物和其近親)、古蟲界、有孔蟲界和囊泡藻界等生物的祖先。湯瑪斯·卡弗利爾-史密斯亦猜測无根虫(Apusozoa)實際上也屬於雙鞭毛生物,但此類生物一般被認為是地位未定。 雙鞭毛生物之間的關係並不很清楚。湯瑪斯·卡弗利爾-史密斯把古蟲界和有孔蟲界分進 Cabozoa
半鞭毛蟲類樹上的位置仍不清楚,認為其與眼虫门(Euglenozoa)為近親。但後續的研究則認為其應該比較接近SAR超類群(包含囊泡虫類、無根蟲(英语:Apusozoa)、弯单胞虫(英语:Ancyromonadida))。 2018年發表的論文根據其新發現的物種(Hemimastix
真核生物Mesomycetozoa 领鞭毛虫门 Choanozoa 真菌界 Fungi 变形虫界 Amoebozoa 双鞭毛生物 Bikonta 无根虫门 Apusozoa 有孔虫界 Rhizaria 古虫界 Excavata 泛植物 Archaeplastida 囊泡藻界 Chromalveolata 界 動物界
原生生物Metamonad(英语:Metamonad)a 變形蟲門 Amoebozoa Hacrobia(英语:Hacrobia) 半鞭毛蟲 Hemimastigophora Apusozoa(英语:Apusozoa) 部分後鞭毛生物 Opisthokonta Choanozoa 以及眾多不同分類會包括的分類單元 传统分类中未包含,但在 演化层面上包含的演化支