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在2019冠状病毒病疫情期间，南极洲至2020年12月出現首例病例。[2][3][4]至此地球上所有大洲及大陆上均出现有关COVID-19的病例报告。
2020年1月12日，世界卫生组织（WHO）查明造成中国湖北省武汉市人群的病因。相关呼吸系统疾病的信息已于2019年12月31日报告，WHO证实是一种新型冠状病毒。[5][6]
来到南极科考站的人们必须进行隔离和COVID-19筛查。[2]澳大利亚和德国的南极科考站配备有口罩。尚不确定美国和英国科考站是否配备有口罩。英国南极调查局针对疫情采取了预防措施。[10]
由于疫情对旅行造成的影响，英国调查人员从南极洲撤离时遇到了麻烦。[11]
2020年4月，一艘前往南极洲的游轮中有近60％的乘客COVID-19检测结果呈阳性。[12][13]
截至2020年4月14日[update]，南极洲的基地只剩下维持基本运转的最少人员，访客则受到限制，科学研究也受到影响。[14]
由于疫情，原定于2020年中期举办的有关南极洲的几场会议被取消。[15]
2020年12月，智利的南极基地贝纳尔多·奥希金斯将军站爆发疫情，36人感染SARS-CoV-2[16][17][18]，並在隨後幾天內增加至58人[1]。
2021年12月14日至2022年1月，比利時南極基地伊莉莎白公主站，爆發了疫情，25名工作人員共16人確診。
2022年1月，阿根廷南极洲研究基地埃斯佩蘭薩站有24名科学家及军方人员确诊。[19]
2022年10月初，南極再爆發一波新疫情，是2020年出現首起病例以來最嚴重且規模最大的疫情，疫情爆發地點位於美國的南極洲最大研究基地麥摩杜站，此波疫情至少造成10%的測站研究人員感染，目前病例為98例。確診者均須隔離5天，目前病患大多為輕症。當局努力減少人口密度，避免疫情擴散，並禁止人員向內陸移動，規定為期兩週。截至2022年11月底規定，為預防疫情擴散，當局下令所有要前往南地區的人都必須先隔離五天才能出發，並且全程佩戴KN-95口罩。[20]
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