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军舰鸟科(學名:Fregatidae)在鸟类全基因组测序分类系统上是鲣鸟目中的一个科,其下有军舰鸟属一属的五种:
军舰鸟中文名较为混乱,黑腹军舰鸟也称「大军舰鸟」[1]或「小军舰鸟」[2],而「小军舰鸟」又可以指白斑军舰鸟[3],故本文不采用大小命名。
此外,還有一属已滅絕的始新世军舰鸟,学名为Limnofregata,该属军舰鸟生活在淡水环境,不同于生活在海洋环境中的现代的军舰鸟。
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