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許子秋在小學畢業後直升臺南州立第一中學校，又於其後入臺北高等學校，復於畢業後入京都帝國大學醫學部就讀，後在1943年畢業。畢業後，他被派任徐州博愛醫院擔任婦產科醫師。
抗日戰爭結束後，許子秋從徐州前往北平，進入由美國政府在北京協和醫學院開辦的「公共衛生研究院」接受為期六個月的訓練課程。
1946年，許子秋返鄉任職臺灣省行政長官公署民政處衛生局課員，並在不久後升任視察。1950年，他出任臺灣省政府衛生處技術室主任。
1951年，許子秋獲美援資助，錄取公共衛生部門。於1952年與江萬瑄、工程部門錄取的高玉樹、水產部門的楊基銓、農業經濟部門的李登輝等三十六名臺灣籍青年前往美國進修，成為第一批由中華民國政府甄選出國深造的臺灣籍人士。1952年，他獲匹茲堡大學頒與公共衛生碩士學位。
1955年，許子秋升任臺灣省政府衛生處簡任技正。1956年，他被調任為臺灣省立錫口療養院院長。1959年，他在臺灣省公共衛生教學實驗院成立後成為首任院長，並兼任臺北公共衛生教學示範中心主任。
1962年，臺灣省政府改組，黃杰出任主席並邀請許子秋接任臺灣省政府衛生處處長職位；他在任內推動霍亂撲滅[2]、小兒麻痺症及日本腦炎控制、家庭計畫等計畫。
1965年，許子秋利用其私人人脈未經外交途徑進口日本已過期的沙克疫苗 （页面存档备份，存于互联网档案馆），是根據日本製劑標準，而世界衛生組織標準之標定係「自檢定合格起兩年」，經由衛生處尋求國內七位醫藥衛生專家的背書，表示過其疫苗是安全且具效力。。
1970年，許子秋應聯合國世界衛生組織聘請，任職於該組織之西太平洋署，主持家庭計畫及婦幼衛生事務。
1981年5月，許子秋奉中華民國政府召請返回擔任行政院衛生署署長，並於隨後促成其《優生保健法》、《營養師法》及《醫療法》的草擬、通過及實施，更推動臺灣各地設立基層保健服務中心、群體醫療執業中心，以及推行規劃B型肝炎疫苗接種計畫、臺灣地區醫療網等。
1986年1月，許子秋請辭署長職務。[3]
- 「你封不住每一個人的嘴，也無法掏心給別人看，但我晚上睡得著」[5]
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