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藤井旭出身於山口縣的山口市，高中時與同學一起組建校內天文社。1963年於多摩美術大學設計系畢業。
1969年10月與四位同好一起在那須高原（福島縣白河市）合資建造白河天體觀測所，並飼養了一隻雌性北海道犬名叫「チロ」（chiro，1969年10月-1981年9月14日），牠成為了天文台的管理者，驅趕附近出沒的熊隻與其他野生動物，並因此出現在白河天体觀測所甚至是藤井旭之各種宣傳物、書籍上，相當受歡迎。並曾經在1975年至1985年間每年舉辦「邀约星空」（星空への招待）大型觀星活動，為此建造了一台口徑84厘米可移動的Chiro望遠鏡（折反射望远镜），在日本國內巡迴開放。1986年哈雷彗星回歸時，在當地天文愛好者合作下，在日本各地舉辦觀賞會，及後並製造了多座口徑大小不一的Chiro望遠鏡。
另外1986年，其中一台Chiro望遠鏡（50厘米口徑）在日航的幫助下，以波音747空運至澳大利亞，成功拍攝哈雷彗星、大麥哲倫雲的SN 1987A超新星等著名天體；1995年與當地天文愛好者合作，於當地組建Chiro天文台。
1983年發現的3872號小行星以「藤井旭」命名，1995年由日本發現的9090號小行星以「チロ天文台」來命名。
2011年東日本大震災後，白河天體觀測所的望遠鏡底座斷開而倒下破損，觀測室所在地面土壤液化，並受附近過量輻射影響而被迫關閉，及後主要以澳大利亞Chiro天文台為基地；2020年3月獲日本天文學會第2屆天⽂教育普及賞[1]。
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- 天文望遠鏡觀測基礎 (1980年6月初版，原作為『藤井旭の天体望遠鏡ABC教室』)
- 圖解星座手冊 (1980年)
- 天文觀測 (1998年，銀禾文化事業有限公司，原作為『藤井旭の天体望遠鏡ABC教室』)
- 寫真版天體觀測圖鑑 (2002年，世茂出版社)
- 星座圖鑑視覺版 (2002年，世茂出版社)
- 星座星空圖鑑 (2008年，晨星出版集團)
- 『天体写真の写し方』（誠文堂新光社 1970年）
- 『星の一生』（あかね書房 科学のアルバム 1970年）
- 『広角レンズによる星野写真集』（1971年）
- 『星雲星団ガイドブック』（河出書房新社 1971年）
- 『星座アルバム』（誠文堂新光社 1972年）
- 『星空の四季』（誠文堂新光社 1973年）
- 『星空をさがそう』（あかね書房 科学アルバム 1973年）
- 『星座ガイドブック』（誠文堂新光社 1974年）
- 『星雲・星団を見よう』（あかね書房 科学アルバム 1975年）
- 『ふじい旭の新星座絵図』（誠文堂新光社 1976年）
- 『星の旅』（河出書房新社 1976年）
- 『科学のアルバム』（あかね書房 1976年）
- 『藤井旭の天体写真教室』（誠文堂新光社 1976年）
- 『星座図鑑』（河出書房新社 1977年）
- 『藤井旭の天体望遠鏡ABC教室』（誠文堂新光社 1978年）
- 『全天星雲星団ガイドブック』（誠文堂新光社 1978年）
- 『星座の散歩道』（サンポウジャーナル サンポウ・ブックス 1978年）
- 『藤井旭の四季の星座教室』（誠文堂新光社 1979年）
- 『天体写真の撮り方』（朝日ソノラマ 現代カメラ新書 1979年）
- 『藤井旭の月面観測教室』（誠文堂新光社 1980年）
- 『天体観測図鑑』（河出書房新社 1981年）
- 『宇宙への招待』（河出書房新社 河出文庫 1981年）
- 『星空の散歩』（河出書房新社 河出文庫 1981年）
- 『太陽のふしぎ』（あかね書房 科学のアルバム 1982年）
- 『彗星』（あかね書房 科学のアルバム 1982年）
- 『惑星をみよう』（あかね書房 科学のアルバム 1982年）
- 『星 ほうき星のひみつ』（あかね書房 1982年）
- 『月を見よう』（あかね書房 科学のアルバム 1982年）
- 『藤井旭の星雲星団教室』（誠文堂新光社 1982年）
- 『藤井旭の宇宙学入門教室』（誠文堂新光社 1983年）
- 『豪華天体写真集』（河出書房新社 1983年）
- 『星になったチロ』（ポプラ社 ポプラ・ノンフィクション 1984年）
- 『天体望遠鏡のつくりかた』（ポプラ社 天文シリーズ 1984年）
- 『たいよう』（小学館 小学館こども文庫 1984年）
- 『だれでもできる天体観測』（ポプラ社 天文ブックス 1984年）
- 『春・夏の星座』（岩崎書店 カラー版自然と科学 1984年）
- 『秋・冬の星座』（岩崎書店 カラー版自然と科学 1984年）
- 『星空日記』（河出書房新社 1984年）
- 『ハレーウォッチング』（日経サイエンス社 1985年）
- 『大彗星ハレー全情報』（角川書店 Kadokawa books 1985年）
- 『天文ガイド版星座早見』（誠文堂新光社 1985年）
- 『せいざの見つけ方1 ふゆのせいざ』（実業之日本社 1986年）
- 『チロ天文台の仲間たち』（実業之日本社 ノンフィクション物語 1986年）
- 『星の旅』（河出書房新社 河出文庫 1986年）
- 『星座の見つけ方』（誠文堂新光社 1986年）
- 『新透視版星座アルバム秋冬編』（誠文堂新光社 1987年）
- 『新透視版星座アルバム春夏編』（誠文堂新光社 1987年）
- 『星座天体観察図鑑』（成美堂出版）
- 『太陽と月の星ものがたり』（誠文堂新光社）
- 『はじめる星座ウォッチング』（ソフトバンク クリエイティブ 2008年）
- 『白河天体観測所 日本中に星の美しさを伝えた、藤井旭と星仲間たちの天文台』（誠文堂新光社 2015年）
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- 『四季の星座めぐり』（誠文堂新光社 録音資料 1979年）
- 『天体観測野帖』（誠文堂新光社 切りとる本 1984年）
- 『ハレー彗星観測ガイド』（誠文堂新光社 1985年）
- 『万能星座早見』（誠文堂新光社 1985年）
- 『スターウォッチング』（誠文堂新光社 1986年）
- 『星座ガイド』（誠文堂新光社 1986年）
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