葉綠體DNA （Chloroplast DNA，cpDNA）為真核生物 細胞 中葉綠體 內的DNA 。葉綠體等质粒体中具有一獨立於細胞核 的基因組 ，且含有核糖體 可轉譯 合成自身的蛋白質 [ 1] [ 2] [ 3] 電子顯微鏡 實際觀測確認[ 4] 菸草 與地錢 定序 發表，為最早完成定序的葉綠體基因組[ 5] [ 6] 大量陆生植物與藻類
cytochrome
nadh dehydrogenase
nadh dehydrogenase
nadh dehydrogenase
nadh dehydrogenase
Prokaryotic initiation factor-1
ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS
菸草的葉綠體DNA基因組，標示於內側的基因位於DNA的同一股上，標示於外側者則位於另一股，基因中的缺口為
內含子 。
葉綠體DNA為環狀，長度一般介於120至170kb 之間[ 7] [ 8] [ 9] Da [ 10] [ 11] [ 12] 光合作用 所需的蛋白（包括RuBisCO 的大次單元）與基因表現所需的蛋白[ 13] rRNA 、約30種tRNA 、21種核糖體蛋白 以及葉綠體RNA聚合酶 的4個次單元[ 13] 雙鞭毛蟲門 的藻類則為罕見例外，此類生物的葉綠體DNA包括約40段質體 ，每個質體長2至10kb，包含1至3個基因 ，也有些質體不編碼任何基因[ 14]
多數葉綠體DNA包括兩段反向重複序列（IRa與IRb），將葉綠體DNA分成大單拷貝區（LSC）與小單拷貝區（SSC）兩區域[ 9] [ 15] 協同演化 [ 14] 保守 [ 9] [ 15] 藍菌 基因組與灰藻 和紅藻 的葉綠體基因組中也有與其同源的序列，顯示此序列在演化上的起源很早，在葉綠體出現前即已存在[ 14] 豌豆 與數種紅藻[ 14] [ 15] [ 16] 紫菜屬 [ 14] [ 16]
陸生植物新葉的葉綠體中一般有約100個葉綠體DNA，老葉中則僅剩15至20個[ 17] 擬核 ，一個葉綠體中常有數個擬核[ 10] 組蛋白 結合[ 18] [ 19] Cyanidioschyzon merolae 溫泉紅藻綱 ）的葉綠體擬核集中在葉綠體基質的中央，綠藻 與陆生植物的葉綠體擬核則均勻分布於基質中[ 19]
模式植物阿拉伯芥 的葉綠體DNA基因組
Stocking, C. R.; Gifford, E. M. Incorporation of thymidine into chloroplasts of Spirogyra. Biochemical and Biophysical Research Communications. 1959, 1 (3): 159–164. doi:10.1016/0006-291X(59)90010-5 Shinozaki, K.; Ohme, M.; Tanaka, M.; Wakasugi, T.; Hayashida, N.; Matsubayashi, T.; Zaita, N.; Chunwongse, J.; Obokata, J.; Yamaguchi-Shinozaki, K.; Ohto, C. The complete nucleotide sequence of the tobacco chloroplast genome: its gene organization and expression . The EMBO Journal. 1986, 5 (9): 2043–2049. ISSN 0261-4189 PMC 1167080 PMID 16453699 doi:10.1002/j.1460-2075.1986.tb04464.x Ohyama, Kanji; Fukuzawa, Hideya; Kohchi, Takayuki; Shirai, Hiromasa; Sano, Tohru; Sano, Satoshi; Umesono, Kazuhiko; Shiki, Yasuhiko; Takeuchi, Masayuki; Chang, Zhen; Aota, Shin-ichi. Chloroplast gene organization deduced from complete sequence of liverwort Marchantia polymorpha chloroplast DNA . Nature. 1986, 322 (6079): 572–574 [2022-01-17 ] . Bibcode:1986Natur.322..572O ISSN 1476-4687 S2CID 4311952 doi:10.1038/322572a0 存档 于2022-08-02）. Dann, Leighton. Bioscience—Explained (PDF) . Green DNA: BIOSCIENCE EXPLAINED. 2002 [2022-01-17 ] . （原始内容存档 (PDF) 于2012-09-17）. Shaw J, Lickey EB, Schilling EE, Small RL. Comparison of whole chloroplast genome sequences to choose noncoding regions for phylogenetic studies in angiosperms: the tortoise and the hare III. American Journal of Botany. March 2007, 94 (3): 275–88. PMID 21636401 doi:10.3732/ajb.94.3.275 Biology 8th Edition Campbell & Reece. Benjamin Cummings (Pearson). 2009: 516.
