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萱草亞科(Hemerocallidoideae)的植物在克朗奎斯特分类法中属于百合科,1998年的APG 分类法将其单独分为一个科,但2003年经过修订的APG II 分类法将这个科和刺叶树科列为可合可分的备选科。2009年最新修订的APG III 分类法列为刺叶树科旗下亞科,為萱草亞科。
AP-网站 (页面存档备份,存于互联网档案馆)列出萱草科有20 来个属,其中最常见的是萱草属(Hemerocallis)和新西兰麻属(Phormium)。
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