用质量加权坐标表示的分子内部运动的动能:

用质量加权坐标表示的分子内部势能

其中势能公式中用到的力常数可以用矩阵的形式表示出来:

由力常数的数学表达式可以知道
,因而矩阵
为一个正交矩阵,通过酉变换可以把矩阵
变形成为对角矩阵的形式
:

且可以证明其中的过渡矩阵
为正交矩阵,有
则用矩阵乘法的方式表示分子内部势能:

其中的Q为由分子内所有质量加权坐标构成的列矩阵

其中的
,是一个列矩阵,它的每一个矩阵元都是分子所有质量加权坐标的线性组合,总的矩阵元的数量恰巧等于质量加权坐标的个数,这些矩阵元就被称作简正坐标。