科伊桑语系，是非洲东部坦桑尼亚的桑达韦人（Sandawe）和哈扎人（Hadza），以及非洲南部，喀拉哈里沙漠的科伊科伊人和布须曼人（或称桑人）所使用语言所属的语系，包括非洲东部的哈扎语、桑达韦语，和非洲南部的霍屯督语（旧称Hottentot，现称Nama）等约20多种语言。
科伊桑各语言，以搭嘴音（吸气音）之多而闻名。Juǀʼhoan 语言就有达48种搭嘴音。
然而，研究科伊桑民族和语言的学者，认为那些语言缺乏有互相关连的证据，不同意有科伊桑语系。除桑达韦语和哈扎语外，科伊桑学者把其他语言分为 Tuu、Juu-ǂHoan、Kwadi-Khoe 3个语系。
哈扎语在坦桑尼亚有975个使用者。哈扎语看来与任何其他语言不相关。从遗传学上说，哈扎人与在非洲南部的科伊桑人没有关连。最接近的近亲可能是非洲中部的俾格米人。
桑达韦语在坦桑尼亚有4万个使用者。有一些特征显示桑达韦语与 Kwadi-Khoe 语系有关连，但证据不太充足。桑达韦在位置上虽与哈扎接近，但没有关连。
- Taa
- ǃXóõ (nmn)（4200使用者。一个方言区。）
- Lower Nossob（两种方言：ǀʼAuni 和 ǀHaasi。已消亡。）
- ǃKwi
- 努基语（ngh）：一个濒临消亡的方言区。2021年6月时，尚有一位Nǀuu方言使用者[1]和两位ǁʼAu方言使用者。
- ǀXam (xam)（一个方言区。已消亡。）
- ǂUngkue（一个方言区。已消亡。）
- ǁXegwi (xeg)（已消亡）
- ǂHõã (huc)（200使用者。博茨瓦纳。濒临消亡。）
- Juu（又称 ǃKung，前称北科伊桑）是个单一方言区，约 45,000 使用者。常见的方言有 ǃKung (ǃXũũ) ((knw), (oun), (mwj)), Juǀʼhoan (ktz), 和 ǂkxʼauǁʼein (aue).
- 瓜地語(kwz)（已消亡。安哥拉。）
- 科依語系
- 科伊科伊语 This branch appears to have been affected by the Juu-Tuu sprachbund.
- Nama (naq) (250,000 使用者。 Ethnonyms Khoekhoen, Nama, Damara. A dialect cluster including ǂAakhoe and Haiǁom)
- Eini（已消亡）
- South Khoekhoe
- Korana (kqz)（6名以上使用者，濒临消亡。）
- Xiri (xii)（90名以上使用者，濒临消亡。一个方言区。）
- Tshu-Khwe (或 Kalahari) 以下很多语言已有部分搭嘴音失去。
- East Tshu-Khwe (East Kalahari)
- Shua (shg) (6000使用者。一个方言区，包括 Deti, Tsʼixa, ǀXaise, 和 Ganádi）
- Tsoa (hio) (9300使用者。一个方言区，包括 Cire Cire 和 Kua）
- West Tshu-Khwe (West Kalahari)
- Kxoe (xuu) (11,000使用者。一个方言区，包括 ǁAni (hnh) 和 Buga）
- Naro (nhr) (14,000使用者。一个方言区。）
- Gǁana-Gǀwi (4500使用者。一个方言区，包括 Gǁana (gnk), Gǀwi (gwj), 和 ǂHaba）
- 哈扎语
- 桑达韦语
- 非洲南部
- 中部
- Hain//um
- Kwadi
- Nama
- Tshu-Khwe
- North Central
- Northeast
- Northwest
- Southwest
- 北部
- =|Kx'au||'ein (aue)
- Kung-Ekoka (knw)
- Ju|'hoan (ktz)
- Maligo (mwj)
- !O!ung (oun)
- Vasekela Bushman (vaj)
- 南部
- Barnard, A. 1988. "Kinship, language and production: a conjectural history of Khoisan social structure." In Africa: Journal of the International African Institute 58.1, 29-50.
- Ehret, Christopher. 1986. "Proposals on Khoisan reconstruction." In African Hunter-Gatherers (international symposium), edited by Franz Rottland & Rainer Vossen, 105-130. Sprache und Geschichte in Afrika, special issue 7.1. Hamburg: Helmut Buske Verlag.
- Ehret, Christopher. 2003. "Toward reconstructing Proto-South Khoisan." In Mother Tongue 8.
