真菌界（学名：Fungi，单数为Fungus，复数可为Fungi或Funguses[3]）又称菌物界，是真核生物中的一大类群，包含酵母、霉菌之类的微生物以及为人熟知的菇类。真菌自成一界，独立于植物、动物和其他真核生物。
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| 生物分類表 |
子囊菌门 （Ascomycota）
- Neolectomycetes
- Neolectales
- Pneumocystidomycetes
- Pneumocystidales
- Schizosaccharomycetes
- Schizosaccharomycetales
- 环境样本
- Taphrinomycetes
- Taphrinales
- Archaeorhizomycetes
- Archaeorhizomycetales
- 环境样本
- Arthoniomycetes
- Arthoniales
- Lichenostigmatales
- 目未定
- Dothideomycetes
- Capnodiales
- Dothideales
- Myriangiales
- Jahnulales
- Mytilinidiales
- Pleosporales
- Botryosphaeriales
- Microthyriales
- Patellariales
- Trypetheliales
- 目未定及环境、菌根样本
- Eurotiomycetes
- Chaetothyriales
- Pyrenulales
- Verrucariales
- Coryneliales
- Arachnomycetales
- Ascosphaerales
- Eurotiales
- Onygenales
- Mycocaliciales
- 目未定及环境样本
- Geoglossomycetes
- Geoglossales
- 目未定
- Laboulbeniomycetes
- Laboulbeniales
- Pyxidiophorales
- 目未定及环境样本
- Lecanoromycetes
- Acarosporales
- Lecanorales
- Lecideales
- Peltigerales
- Teloschistales
- Agyriales
- Baeomycetales
- Ostropales
- Rhizocarpales
- Pertusariales
- Candelariales
- Umbilicariales
- 目未定及环境样本
- Leotiomycetes
- Cyttariales
- Erysiphales
- Helotiales
- Leotiales
- Rhytismatales
- Thelebolales
- Medeolariales
- 目未定及环境、菌根样本
- Lichinomycetes
- Eremothallales
- Lichinales
- Orbiliomycetes
- Orbiliales
- Pezizomycetes
- Pezizales
- 目未定
- Pneumocystidomycetes
- Pneumocystidales
- Sordariomycetes
- Coronophorales
- Hypocreales
- Melanosporales
- Microascales
- Boliniales
- Calosphaeriales
- Chaetosphaeriales
- Coniochaetales
- Diaporthales
- Ophiostomatales
- Sordariales
- Lulworthiales
- Xylariales
- Phyllachorales
- Trichosphaeriales
- 目未定及环境、菌根样本
- Saccharomycetes
- Saccharomycetales
- 纲未定及环境、菌根样本
担子菌门 (Basidiomycota)
- Tremellomycetes
- Cystofilobasidiales
- Filobasidiales
- Tremellales
- Holtermanniales
- 目未定
- Dacrymycetes
- Dacrymycetales
- Agaricomycetes
- Agaricales
- Atheliales
- Boletales
- †Prototaxales
- Amylocorticiales
- Jaapiales
- Lepidostromatales
- Geastrales
- Gomphales
- Hysterangiales
- Phallales
- Auriculariales
- Cantharellales
- Corticiales
- Gloeophyllales
- Hymenochaetales
- Polyporales
- Russulales
- Sebacinales
- Thelephorales
- Trechisporales
- 目未定及环境样本
- Agaricostilbomycetes
- Agaricostilbales
- Spiculostilbales
- 目未定及环境样本
- Atractiellomycetes
- Atractiellales
- Classiculomycetes
- Classiculales
- Cryptomycocolacomycetes
- Cryptomycocolacales
- Cystobasidiomycetes
- Cystobasidiales
- Erythrobasidiales
- Naohideales
- 目未定
- Microbotryomycetes
- Heterogastridiales
- Kriegeriales
- Leucosporidiales
- Microbotryales
- Sporidiobolales
- 目未定及环境样本
- Mixiomycetes
- Mixiales
- Pucciniomycetes
- Helicobasidiales
- Pachnocybales
- Platygloeales
- Pucciniales
- Septobasidiales
- 目未定及环境样本
- Entorrhizomycetes
- Entorrhizales
- Ustilaginomycetes
- Urocystales
- Ustilaginales
- 目未定及环境样本
- Exobasidiomycetes
- Ceraceosorales
- Doassansiales
- Entylomatales
- Exobasidiales
- Georgefischeriales
- Microstromatales
- Tilletiales
- Malasseziales
- 目未定及环境样本
- Wallemiomycetes
- Wallemiales
- Geminibasidiales
- 目未定
- 纲未定及环境、菌根样本
芽枝霉门(Blastocladiomycota)
- Blastocladiomycetes
- Blastocladiales
- 目未定
- 环境样本
壶菌门(Chytridiomycota)
- Chytridiomycetes
- Chytridiales
- Cladochytriales
- Lobulomycetales
- Polychytriales
- Rhizophlyctidales
- Rhizophydiales
- Spizellomycetales
- 目未定
- Monoblepharidomycetes
- Monoblepharidales
- 纲未定及环境样本
球囊菌门 (Glomeromycota)
- Glomeromycetes
- Archaeosporales
- Diversisporales
- Glomerales
- Paraglomerales
- 目未定及环境样本
- 纲未定及环境样本
微孢子虫门（Microsporidia）
本门包括以下纲：
- Microsporea
- Chytridiopsida
- Dissociodihaplophasida
- Glugeida
- Meiodihaplophasida
- Rudimicrosporea
- 纲、目的地位未定的科：
- Berwaldiidae
- Neopereziidae
- 纲、目和科的地位未定的属：
- Alternosema Lipa, Tokarev & Issi, 2020
- Anisofilariata Tokarev, Voronin, Seliverstova, Dolgikh, Pavlova, Ignatieva & Issi, 2010
- Crispospora Tokarev, Voronin, Seliverstova, Pavlova & Issi, 2010
- Falcia
- Hamiltosporidium Haag et al., 2011
- Longicollus Georgévitch, 1957
- Mitosporidium
- Multilamina Becnel, Scheffrahn, Vossbrinck & Bander, 2013
- Nematocida
- Parahepatospora Bojko, Clark, Bass, Dunn, Stewart-Clark, Stebbing & Stentiford, 2017
- Paramicrosporidium
- Percutemincola Nishikori, Setiamarga, Tanji, Kuroda, Shiraishi & Ohashi-Kobayashi, 2018
- Spirospora
- Takaokaspora Andreadis, Takaoka, Otsuka & Vossbrinck, 2013
- Tylogonus
新美鞭菌门（Neocallimastigomycota）
- Neocallimastigomycetes
- Neocallimastigales
- 纲未定及环境样本
接合菌门 (Zygomycota)
- Zygomycetes
- Endogonales
- Mucorales
- Mortierellales
- Asellariales
- Kickxellales
- Dimargaritales
- Harpellales
- Entomophthorales
- Zoopagales
- 目未定
门未定及环境、菌根样本
- 其余的真菌种类（包括早期真菌种类及混合DNA片段）
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