鼠疫的第一次大流行發生於6世紀中葉，史稱查士丁尼大瘟疫。[4]但有史以來規模最大的傳染病是14世紀時於歐洲爆發的黑死病。中世紀時期，鼠疫造成城鎮人口大量流失，並進而導致經濟災難。因此，社區內的瘟疫醫生地位较高，並得到許多特權。舉例而言，為了對抗疾病，瘟疫醫生可以自由且不受限制地驗屍；而這在中古歐洲僅这一职业有此特权。
由於瘟疫醫生非常稀缺，因此許多不法之徒經常以他們的性命作為勒索城鎮的籌碼。舉例而言，當巴塞隆納於1650年派遣兩名瘟疫醫生前往支援托爾托薩的疫情控制時，歹徒便於半路綁架了他們，並向巴塞隆納要求贖金。巴塞隆納也應歹徒要求支付了贖金，以拯救這兩名瘟疫醫生。[5]奧爾維耶托市於1348年支付了高出市價四倍的薪資以聘請馬修安傑洛（Matteo fu Angelo）擔任該市的瘟疫醫生。[5]當時的教宗克雷芒六世更額外聘請了許多瘟疫醫生，並將他們派至法國亞維儂治療當地的病患。在威尼斯本来有18名瘟疫醫生，到了1348年僅剩一名：其中5名因身染瘟疫而死亡，另外12名則下落不明，並很可能已經逃往别处。[6]
部份的瘟疫醫生會穿著特殊的服裝，但不是所有的瘟疫醫生都會這麼打扮。這套服裝是由查爾斯·德洛姆於1619年發明的；它們最早出現於巴黎，但稍後流傳到整個歐洲。[7]瘟疫醫生服裝具有保護作用，其長袍大衣是以多層布料編織而成，外層還有塗蠟，厚重密不透風的長袍可以保護醫生不會直接碰觸到患者，塗蠟的布料也能避免有傳染性的跳蚤或患者血液吸附沾染在衣物上。
特殊設計的面具也是有其功能性的，面具在眼睛處裝有透明玻璃，可以隔絕患者與屍體的組織液、血液或飛沫，前端還有一個像鳥喙的凸起，內填有能散發芳香的物質。[8]芳香物質包含龍涎香、蜜蜂花、留蘭香葉、樟腦、丁香、鴉片酊、沒藥、玫瑰花瓣以及蘇合香等等。這些物質被認為可以保護醫師免受瘴氣的侵害（當時還不知道其實是飛沫與空氣中的鼠疫桿菌），這些香料也能稍微減緩屍體與病患壞死組織發出的惡臭，多少還能避免原發性肺鼠疫的飛沫傳染風險。瘟疫醫生會使用一種木製的拐杖狀指示棒來檢測患者狀況，而不必接觸感染源。這種指示棒同時也用於鞭打病人以赦免他們的罪，因為當時的人們相信罹患瘟疫是上天的懲罰，而唯有透過鞭笞，病人才能從原罪中獲得救贖。[9][10]
當黑死病於14世紀在歐洲蔓延開來時，瘟疫醫生除了照顧病患外，也會從事公眾服務，主要是替政府或管理當局記錄因瘟疫而死亡的患者人數。[11]
在部分如佛羅倫斯及佩魯賈等歐洲城市內，也會要求瘟疫醫生檢驗患者的遺體，以釐清死亡原因以及瘟疫的致命性。[12]瘟疫醫生也成為黑死病時期無數遺囑的見證人。[13]在某些案例中，瘟疫醫生甚至會給予患者建議，並指導他們如何面對死亡。這種建議會因病患不同而有所差異，而在中世紀時期過後，醫生與病人間的關係亦逐漸受到越發複雜的職業道德及倫理所約束。[15]
瘟疫醫生會以替患者放血，或是其他如將螞蝗、青蛙等生物放置於患者的淋巴腺腫上等方式來「重新平衡患者體液」。[16]由於職業的特性，因此瘟疫醫生通常不能與大眾接觸；在部分情況下甚至會隔離他們。[17]
諾斯特拉達姆士是一名著名的瘟疫醫生，他曾經提出許多對抗黑死病的醫學建議。[18][19]諾斯特拉達姆士的主要建議包括清除患者遺體、保持新鮮空氣流通、飲用乾淨水源，以及飲用薔薇果製成的果汁。[20][21]在他的著作《脂粉與果醬製法》（Traité des fardemens et confitures）A部份第八章中，諾斯特拉達姆士也建議不要替病患放血[21]。
喬瓦尼·文圖拉（Giovanni de Ventura）是義大利帕維亞市於1479年時的社區瘟疫醫生。[5][22]
愛爾蘭醫生尼爾·奧格拉金（Niall Ó Glacáin，1563?～1653）因其在西班牙、法國以及義大利等地不畏瘟疫的死亡威脅而仍英勇行醫的事蹟而獲得敬重。[23][24]
法國解剖學家安布魯瓦茲·帕雷以及帕拉塞爾蘇斯也都是中世紀著名的瘟疫醫生。[25]
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