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澎湖水族館，全名澎湖海洋生物研究中心附屬水族館，是一間位於臺灣澎湖縣白沙鄉的水族館，於1998年開業。一樓展示區劃分為沿岸生態、珊瑚礁生態以及大洋生態三個展示區，二樓則作為海洋漁業、水產養殖、海洋生態等不定期展出的特展專區。[1]
澎湖水族館的前身由臺灣省水產試驗所澎湖分所（今農業部水產試驗所澎湖漁業生物研究中心[2]）經籌備所規劃，該水族館於1993年選址於白沙鄉岐頭村的白沙繁殖場，斥資7億新臺幣進行新建建築工程，並於1998年4月正式開幕，其定位是發揮科學研究與觀光遊憩的多樣化功能。
2002年，澎湖水產試驗分所和澎湖水族館合併為「澎湖海洋生物研究中心」，並開始籌建「國家水產生物種原庫澎湖支庫」。2004年，水族館引進民間投資促進參與，先後由南仁湖企業和大東山希望天地公司經營。然而，由於民間養殖專業人才不足，水族館的營運狀況逐漸下滑。2014年底，大東山公司主動申請解約後，水族館宣告休館[3]。此後，水族館歷經兩次委外招商，但均告失敗。[4]
爭取經費維修後，2017年4月23日，澎博海洋科技有限公司取得水族館經營權，並簽約委外經營，經過耗資4000萬元進行整修工程兩年後，澎湖水族館於2019年4月4日舉辦重新開幕儀式。[5][6][7][8]
水族館是一座兩層樓建築，主要展示以白沙鄉為中心，半徑800公里內的臺灣海峽及南中國海中的海洋生物。目前，館內展示的海洋生物種類達152種，數量近1600尾。
一樓設有海濱展示區、礁岩展示區和大洋展示區，區塊間設有拱型海底隧道，每個展示區的入口均設有視聽室。二樓則設有水產研究展示區、專題展示水槽、視聽中心以及一座觸摸池。此外，館內每日上、下午各安排兩場餵魚秀，讓遊客觀賞。[9]
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