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关于曾用名「西南醫科大學」的第三軍醫大學，請見「中国人民解放军第三军医大学」。「四川醫科大學」重定向至此。關於四川大学华西医学中心的前身四川医学院（1953年-1985年），詳見四川大学华西医学中心。
学校始建于1951年，其前身是位于忠山的川南医士学校[1]:1092。1959年升格为泸州医学专科学校，并整合了同省成都医专、重庆医专二校的教学资源[2]:27，1978年，该校升格为本科层次的大学并更名为泸州医学院，随即于1982年成为学士学位授权单位[1]:1092-1093。1993年，该校成为硕士学位授权单位[3]:862，2003年，泸州医学院获学历教育留学生招生资格，并于翌年开始招收留学生[3]:862。2013年，该校获准设立国家级博士后科研工作站[4]。
2015年，泸州医学院获准更名为四川医科大学，但該命名受到四川大學的反對，认为其侵犯了四川大学华西医学院（旧“川医”）的名誉权，川大一些学生也抗议表示不满[5]，因此，中华人民共和国教育部于2015年12月公告同意四川医科大学二度更名为西南医科大学[6]，但再次遭到第三军医大西南医院的反对[7]，第三军医大王正国院士、西南医院病理研究所孔祥复院士分别致函教育部长表示反对[8]，提请教育部行政复议，但反对最终无效，该校仍然继续使用“西南医科大学”的校名[9]。
西南医科大学建有忠山和城北两个校区[3]:863，占地2011亩。在校本科生、研究生、留学生18000余人；现有专任教师984人，其中博士317人；有硕士学位一级学科授权点7个，硕士专业学位授权点9个，30个普通本科专业，其中国家特色专业3个，省级应用型示范专业3个，双学位专业5个；下设3所直属附属医院。[10]
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