根據Wijayawardene et al. 2019,本亞門之下級單元的現時分類如下:[4]
梳黴亞門 Kickxellomycotina Benny 2007 [Harpellomycotina Doweld 2014]
- 雙珠黴綱 Dimargaritomycetes Tedersoo et al. 2018
- 燭臺黴目 Ramicandelaberales Doweld 2014
- 燭臺黴科 Ramicandelaberaceae Doweld 2014
- 雙珠黴目 Dimargaritales Benjamin 1979
- 科 Spinaliaceae Doweld 2014
- 雙珠黴科 Dimargaritaceae Benjamin 1959
- 梳黴綱 Kickxellomycetes Tedersoo et al. 2018
- 目 Barbatosporales Doweld 2014
- 科 Barbatosporaceae Doweld 2014
- 旋梗黴目 Spiromycetales Doweld 2014
- 旋梗黴科 Spiromycetaceae Doweld 2014
- 目 Orphellales Valle et al. 2018
- 科 Orphellaceae Doweld 2014
- 梳黴目 Kickxellales Kreisel 1969 ex. Benjamin 1979
- 梳黴科 Kickxellaceae Linder 1943
- 毛菌總目 Trichomycetalia Cavalier-Smith 1998
- 內孢毛菌目 Asellariales Manier 1950 ex. Manier & Lichtwardt 1978 emend. Valle & Cafaro 2008
- 科 Baltomycetaceae Doweld 2013
- 內孢毛菌科 Asellariaceae Manier 1950 ex. Manier & Lichtward 1968 [Orchesellariaceae Doweld 2014]
- 鉤孢毛菌目 Harpellales Lichtwardt & Manier 1978 [Smittiales]
- 鉤孢毛菌科 Harpellaceae Léger & Duboscq 1929 ex Kirk & Cannon 2007
- 側孢毛菌科 Legeriomycetaceae Pouzar 1972 [Genestellaceae Léger & Gauthier 1932]